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中藥有許多天然抗生素，微生物避之唯恐不及，很快可將微生物抑制或殺滅。常用的有：
黃連
黃連為毛茛科植物，採根莖使用，秋季採挖，乾燥，生用或清炒，或薑炙、酒炙、吳茱萸水炒用等。
黃連大苦大寒，歸心、肝、胃、大腸經，能清熱燥溼、瀉火解毒，為治溼熱瀉痢要藥，亦可用於癰疽疔毒。黃連內含小檗鹼（黃連素）、甲基黃連鹼等多種生物鹼，對痢疾桿菌、傷寒桿菌，綠膿桿菌、大腸桿菌、白喉桿菌、百日咳桿菌、結核桿菌、葡萄球菌、腦膜炎雙球菌、溶血性鏈球菌、肺炎雙球菌等均有顯著的抑制作用。
黃柏
黃柏為芸香科落葉喬木樹皮，性味苦寒，歸腎、膀胱、大腸經，功能清熱燥溼、瀉火解毒。黃柏含小檗鹼、黃柏鹼等多種生物鹼，還有黃柏酮、黃柏內脂等，抗菌效力與黃連相似，對痢疾桿菌、傷寒桿菌、結核桿菌、金黃色葡萄球菌、溶血性鏈球菌等多種致病細菌均有抑制作用。
大黃
大黃為蓼科植物大黃的根及根莖，生用，或酒炒，酒蒸，炒炭使用。大黃性味苦、寒，可瀉下攻積、清熱瀉火、活血祛瘀。大黃外用可清熱毒、消腫塊，治熱毒癰腫疔癤。大黃有抗感染作用，對多種細菌均可抑制，其中最敏感的是葡萄球菌和鏈球菌，其他如白喉桿菌、傷寒和副傷寒桿菌、肺炎雙球菌、痢疾桿菌都有抑制作用，對流感病毒也有抑制作用。
連翹
連翹是木犀科灌木連翹的果實，採得後蒸熟晒乾，取籽實用。性味苦微寒，功能清熱解毒、消癰散結。連翹有廣譜抗菌作用，對金黃色葡萄球菌、賀氏痢疾桿菌有很強的抑制作用，對其他致病菌、流感病毒、真菌都有一定抑制作用。
野菊花
野菊花為菊科野菊的頭狀花序，晒乾或烘乾用，性味苦、辛，微寒，功能清熱解毒。野菊花常用於癰疽疔癤、丹毒，內服、外用皆可，對於金黃色葡萄球菌、白喉桿菌及痢疾桿菌等都有抑制作用。◇
