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教育部長吳茂昆29日請辭獲准！任期剛好41天，也是歷任部長中任期最短的教育部長。吳茂昆於4月19日上任後，接連傳出赴美開公司、違法赴陸等爭議不斷，上任後又即刻處理同樣充滿爭議的台大校長遴選事件，遭外界認為是為「拔管」而上任。對此，吳茂昆鄭重否認，強調過程完全是對事不對人，為避免造成教育事務運作困擾，決定向行政院長賴清德請辭。
前教育部長潘文忠因台大校長遴選案於4月中旬向行政院請辭，之後行政院宣布由中央研究院士吳茂昆接任教育部長。吳茂昆在上任後快速召開跨部會小組會議，經過兩次小組會議後，於4月27日正式駁回台大校長遴選案結果。
不過接連傳出，吳茂昆在擔任東華大學校長任內，曾傳出溢領教師獎助金、教師升等黑箱作業等爭議，吳茂昆雖以書面對外說明，澄清這些不實指控，但自他上任後，教育團體和立法委員都不斷提出各項質疑。
吳茂昆在立法院備詢時，立委更質疑吳茂昆在東華大學校長任內違法在美國設立公司，在東華大學校長任內兼任陳水來文教基金會董事，違反《公務員服務法》，在國科會主委任內赴中國大陸參加論壇，同樣有違法赴陸嫌疑。
在5月中旬會考出闈記者會上，吳茂昆談到會考不只和升學有關，也許有一天會和工作連結，此番言論被認為和免試入學政策有出入，也引發教育團體批評。全國教師工會總聯合會認為吳茂昆的爭議和言行，對教育的負面影響大，先於4月底發起「不接受、不忍受、不配合」的「三不運動」，之後又發起「518搶救教育部」行動，要求吳茂昆下台。
否認因「拔管」上台
對此，吳茂昆發表聲明提到，「外界一直以我是因為要執行「拔管」才接任教育部長職務，事實不然！從願意擔任諮詢小組成員，到之後接任部長實際處理此事，我的立場及信念自始至終都一致。」
他認為，學術誠信是建構一所大學的基本原則，國立大學受全國納稅人委託，教育我們的年輕人成為具有全人人格及專業技能的國家棟梁。因此，尊重學術、維護學術自由、建立學術誠信是大學必須具備的基本準則。「大學校長是學校的領航人，其遴聘的人選，當然且必須要接受較高道德標準的檢視；這個過程完全是對事不對人。」
至於有關2005年10月擔任國科會主委時去中國開會，並參與兩場國際性會議。當年這兩場國際會議的行程，事先都已向行政院提出申請，並循程序簽辦，而在行政院回函給國科會的公文中，對於香港科大在杭州所舉行的國際會議並未准駁回。
賴揆：吳上週末請辭
賴揆稍晚受訪時表示，吳茂昆在上週末，透過卓榮泰口頭向他請辭，29日早上通過電話後，贊成吳要以一樣的標準檢驗自己的理念，因此接受他的辭呈。賴清德指出，事情是發生在2005年的10月分，當時吳茂昆是國科會主委，向行政院請假出席當時在中國舉辦的兩場國際會議，吳參加完第一場在蘇州舉行的國際學術會議後，應恩師朱經武教授邀請，利用週末前往浙江，參加由香港科技大學、浙江大學共同舉辦的國際學術高峰會，在這場高峰會中，除了朱經武教授以外，也有國際的諾貝爾獎得主，還有各國的科技政策負責人。
「他一直到最近才知道兩場國際的研討會，當時行政院只准第一場」，賴揆說，吳茂昆認為身為教育部長，應用同一標準、甚至更高的道德標準來檢驗自己，希望辭去職務、止住紛爭，讓教育部工作能順利推展，後續在吳請辭後，先由次長代理，繼任人選行政院會擇期再跟社會大眾報告。
學者：曾勸他別接部長
台大政治系教授蘇宏達則認為，吳茂昆是被利用。他私下認識吳茂昆，也和他打過網球，當初得知他要上任時，就曾透過同事建議他不要接任，因為吳茂昆當過大學校長、中研院士、國科會主委，已有學術地位。一旦上任恐成代罪羔羊，拔管後就下台，變成箭靶，徒留臭名。但吳茂昆仍有野心，希望能夠多做點事，所以還是去了。
吳茂昆是淡江大學物理系畢業，後取得美國休士頓大學物理學博士學位，曾任行政院國家科學委員會主任委員、東華大學校長等職，專長為超導物理與磁學，曾與中研院士朱經武發現世界第一個高於液態氮溫度超導體，被提名諾貝爾物理獎。
