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針對前總統馬英九、前行政院長江宜樺表示支持以核養綠公投，經濟部1日指出，核災發生機率雖低，但台灣地小人稠，產業或民眾皆無法承擔；而核廢料儲存及處理問題難解，核廢料處置場又沒有地方政府及民眾能接受，若持續使用核能，核廢料議題更加難解，不應留給下一代承擔。以核養綠是假議題，馬、江推動以核養綠公投，無異飲鴆止渴。
經濟部表示，核四2014年僅完成#1號機試運轉測試，仍有多項管制項目未完成審查，相關安全強化改善措施施工仍需3～4年。核四若要啟用須回裝已拆卸的設備、經原能會審查、核准填裝燃料，以及須經過1年熱機測試，估計至少需時6～7年才能完成相關程序。
此外，核四預算已用罄，台電2013年初估若要啟動核四商轉，需再投入約478億元經費。依目前低碳能源推動進程，再生能源與天然氣接收站等低碳能源設施將逐漸到位，足以替代核能發電，以核養綠是假議題，無益綠能發展。
核能發電所產生核廢料需進行最終處置，以免危害環境與人類。經濟部指出，台電自1987年起，每年均依照當年度核能淨發電量與每度核能發電分攤率計算，提列核能發電後端營運資金，包括核能電廠除役、核廢料處理經費。原則上每5年重新估算後端營運總費用，初估約需4,700餘億元（2017年幣值）。不過，近年估算後端處理成本持續上漲，以核養綠無異引鴆止渴。
對於日本決定繼續使用核電，經濟部表示，在民眾及地方政府反彈下，日本重啟核電計畫並不順利，現有35部（不含興建中）核電機組中，僅9部機組重啟。德國、比利時及瑞士已分別宣示在111年、114年及123年達成非核家園目標，其中比利時政府2018年提交新聯邦能源戰略進內閣，仍維持114年前逐步淘汰境內7部核電機組目標，而瑞士在2017年公投以58.2%通過「能源戰略2050」，並未改變廢核目標。
