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另外，氣候本身存在著一些內在變化過程，還沒有被充分了解，從而造成氣候模式不能正確反映這些現象。比如現有氣候模式不能正確描述、更無法預測厄爾尼諾現象。自從7,000到9,000年之間的全新世最高溫以來，全球溫度降低了0.5到1攝氏度，但模式的計算顯示過去11,000年反而增溫0.5到1度。因為過去6,000至7,000年二氧化碳含量一直在上升，顯示模式只對溫室氣體的增溫效果敏感。通俗地講，氣候系統中控制氣候變化的各種因素裡，模式只能夠反映溫室氣體造成增溫的效果，而對其它因素造成的降溫卻不能正確反映。
此外，1998年到2013年間，觀測到的增溫幾乎停滯。德國氣候科學家、漢堡大學教授斯托奇（Hans von Storch）在2013年表示，「我們面臨著一個難題。最近的二氧化碳排放率增長趨勢實際上比我們擔心的更加陡峭。根據大多數氣候模型，過去10年我們應該看到氣溫上升0.25攝氏度左右（0.45華氏度）。這種情況並沒有發生。事實上，過去15年的增長是僅0.06攝氏度（0.11華氏度）。」他認為這表示，或者模式高估了二氧化碳的作用，或者模式低估了氣候的自然變化。
對於如何看待氣候系統的內部過程，科學家也存在分歧。前文提到的美國科學院院士林岑博士認為氣候系統中存在自我調節機制，所以溫室氣體造成的增溫效果要小得多。他在2001年發表的論文中指出，根據觀測，熱帶的高空捲雲（可以讓陽光透過，但會阻擋地表向上發出的紅外線，具有溫室作用）和海面溫度呈現負相關，溫度增高時，雲量減少，這可以讓地球表面通過紅外輻射無阻礙地向外太空散熱，這種自我調節機制類似於人眼的瞳孔，大大抵消了溫室效應。這個理論現在還在爭論之中。
前NASA科學家、阿拉巴馬大學斯賓塞（Roy Spencer）教授總結了衛星觀測結果，對雲在氣候模型中的作用提出不同見解。他指出現有氣候模式把觀測到的雲量隨著溫度變化，當作雲的形成與消散是溫度變化的結果，而實際情況恰恰相反，是雲量變化造成了溫度變化，並且這將導致溫室氣體增溫效果遠遠小於現有氣候模式的預測。
對於觀測到的氣象數據如何解讀以及數據的可靠性，科學家們有不同看法。阿拉巴馬大學地球科學系統研究中心主任、大氣科學家約翰‧克里斯蒂（John Christy）教授是IPCC主要作者之一。他分析了城市不斷擴張和地表開發（如農業活動）對氣象觀測站附近的地表氣層（大氣邊界層）的擾動作用，認為這使記錄到的地表溫度隨著人類活動增長而不斷增高。在過去100年地表溫度上升的紀錄中，大多數地區的夜間最低溫比白天的最高溫上升更快。他認為不斷擴張的人類地表活動，而不是溫室氣體增加，更能解釋這一現象。
此外，對於氣候變暖所造成的效果，科學家也有爭議。比如，2014年特拉華大學氣候研究中心主任萊格茨（David Russell Legates）教授在美國參議院作證說：「我的結論是，在美國寒冷的時候乾旱更加頻繁，並且更加嚴重。所以歷史紀錄並不支持全球變暖會對農業活動產生負面影響的看法。」
前普林斯頓大學副校長哈帕（William Happer）博士在參議院作證說，從歷史上來看目前的二氧化碳水平是偏低的，二氧化碳含量增高會對植物農作物帶來好處，這都是被IPCC忽略的。哈帕博士在上世紀90年代擔任能源部能源研究辦公室主管時，是當時的氣候模式的創建者。他認為已有的氣候模式預測的增溫遠比觀測到的要大，因為模式高估了氣候系統的敏感度。
4）環保主義科學家為什麼偏愛「災難」理論
IPCC的一位主管科學家曾說：「如果我們希望將來有一個良好的環境政策，我們就必須有災難。這就像公共交通的安全。［促使］人類行動的唯一方式就是出現意外。」雖然他後來聲明並不是主張偽造數據，但其主導思想是明確的：災難才是促成決策和行動的主因。
把全球變暖和各種極端天氣現象聯繫起來已經成了激化氣候問題的一種時髦方法，迎合潮流的科學假說也不斷登台。2014年初北美經歷了極端寒冷天氣。一個理論推測，全球變暖造成的北極冰層融化會使高空中的噴射急流（jet stream）路徑發生變化，從而向南方輸送極地寒冷氣團，造成極端寒冷的天氣更加頻繁。這種和直覺相悖的推斷當然更受媒體和環保主義活動家的青睞：連極端寒冷都是氣候變暖惹的禍，豈不是讓我們更有理由馬上採取行動？但事實上，長期氣象紀錄表明，北美極端寒冷天氣發生的頻率越來越低。2014年五名傑出的氣候專家在《科學》雜誌上刊登了一封聯名信，反駁這種假說。他們指出：在20世紀60年代早期、70年代末期（最著名的是1977年），以及在1983年，當北極海冰比現在更厚、更廣的時候，冷空氣爆發比今年（2014年）冬天更嚴重。在50到100年的較長時間內，已經確定的是，相對於美國各氣象站的歷史紀錄，極端低溫紀錄發生的頻率已經降低。（未完，明日待續）◇
