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雅典和斯巴達發生「伯羅奔尼撒戰爭」的第2年，即西元前430年，當斯巴達軍隊逼近雅典城時，突然發現城外多出無數的新墳，原來雅典城內正流行致命瘟疫。
驚詫中，斯巴達國王急忙下令撤兵。雅典被隔絕了，無論是雅典的敵人還是同盟，誰都不敢再靠近這座瘟城。
雅典城內，是致命的瘟疫而不是敵軍，咄咄逼近了每一個人。
最初，在臨近雅典的港口比雷埃夫斯，有3個人被同時發現得了一種怪病：先是發高燒，喉嚨嚴重發炎，然後是腹瀉不止，最後整個人垮掉死亡。
不久，同一個地區又有11人死於此種病症，而且四肢出現壞疽，疽由深紅變成黑色並開始腐爛，同時身上散發出惡臭。全身腐爛時，心臟還在跳動，病患就這樣親眼看著自己漸漸腐爛致死。
病患外表並不會呈現高熱，卻無時不承受著體內灼熱的煎熬，以致無法忍受任何衣物的遮擋。即使最輕薄透氣的亞麻布單，他們也不願蓋，他們放任自己，裸露全身。他們時刻處於無休止的口渴狀態，總想把自己浸泡在冷水中，看護者稍有疏忽，乾渴難耐的病患便會本能地跳進水池，貪婪地大口吞喝涼水，無論喝多少， 也都無法澆滅焦渴，同時他們還飽受無法休息、無法入睡的折磨。
強健者未必就比衰弱的人更能抵抗瘟疫，由於相互看護，染上瘟疫造成的死亡，數量是最多的。
人們害怕照顧病患，也害怕去探望親朋，大批病患因無人照顧而死亡，但得到精心照顧的，最後同樣也是一死。雅典的許多家庭都絕戶了。
每天，人都像羊群般地死去，垂死者的身體疊加堆積，半死者在街上到處打滾，或者聚集在池水旁邊搶水止渴。來自雅典農村的難民們被迫在神殿留宿，很快死去的人與垂死的人混在一起，擠滿了神殿。
開始，不間斷的哭嚎使人們無法入睡，後來，哭聲就聽不見了，因為很多哭嚎的人也死掉了。
屍體遍地無人埋葬，沒有任何哀悼儀式。鳥獸吃了屍體，很快也跟著撲地死亡，所以連鳥獸也都遠離屍體，很長的一段時間，城裡的食肉鳥類都絕了蹤跡。城市廢棄，田園荒蕪，數以百萬的屍體覆蓋了雅典城的各個角落。
雅典城裡，有許多哲學家、學者、詩人、藝術家，但面對瘟疫，人類所有知識技藝、聰明謀略都是沒用的。各種醫生開的藥方，無論口服還是外敷，都無濟於事，最後醫生也被感染而倒下。
古希臘人信奉神靈，但所有的禱告和祈福也毫無用處。一些人明白，瘟疫是神靈在懲罰雅典人了。
雅典城自行土崩瓦解
瘟疫滲透影響了雅典的整個社會結構，道德崩潰了。
當人們以求庇護的神廟也到處躺滿屍體時，對神不堅定的人開始背離神，神權與世俗的法律對公民不再有拘束力了。為了自保，人們違逆人情世理，肆無忌憚地公開犯罪，盜竊、謀殺和搶劫在城中橫行。
瘟疫面前，富人與窮人毫無差別地死亡。富有的人忽然死亡，一文不名的人就把那富人家的財產劫掠一空，發不義之財。但財富也沒有任何意義，金子再多，也沒人能真正帶走，沒有人知道，自己明天會不會成為下一個躺在地上的屍體。
恐慌與絕望使及時行樂成為時尚，活人決定迅速地花掉金錢，瘋狂地追求感官享樂，這可以使他們麻痹，逃避對現實的恐懼。於是，文明城邦出現了令人生畏的景象：一邊是屍體，一邊是在屍體邊縱情聲色、醉生夢死的活人。
死亡摧毀了雅典人最後的心理防線，這座斯巴達勇士未能攻克的偉大城邦，卻被一場瘟疫摧毀了，雅典城自行土崩瓦解。
後世歷史學家估計，當時雅典城邦死亡的人約三分之一，瘟疫導致雅典諸多重要人士去世，雅典「黃金時代」的締造者伯里克利及他的妻子、兩個兒子都死於瘟疫。
哲學家蘇格拉底親身經歷了這場瘟疫，但他以節制的生活及健康的生活習慣，成功抵禦了瘟疫的侵襲。這場大劫，使蘇格拉底以「我知道我一無所知」為基點，開始探討個人的道德與對真理的追求。
25歲的修昔底德感染上了瘟疫，但他以超人的毅力詳盡地記錄了自己的耳聞目睹和所思所感，因此雅典大瘟疫成為史上記載最詳盡的災難事件，為後人提供了瘟疫的第一手資料。
瘟疫突然間銷聲匿跡
瘟疫雖然肆虐，但它的傳染似乎還是有選擇性的。在伯羅奔尼撒戰爭中，雅典人曾俘獲了很多伯羅奔尼撒人，他們被押到雅典城中。但修昔底德的記載中，卻沒有伯羅奔尼撒人被傳染的紀錄。瘟疫只在雅典城和雅典較大的邦國裡不斷擴散。
更奇怪的是，西元前426年底以後，像是接到了無聲的指令一樣，肆虐幾年的大瘟疫突然在雅典城裡銷聲匿跡了。
傳說當人們對瘟疫都畏避不及時，希臘北邊馬其頓王國的御醫希波克拉底冒生命危險前往雅典，他仔細調查疫情，很快發現全城只有每天與火打交道的鐵匠沒有染病，由此希波克拉底設想，或許火可以防疫，於是雅典城內各處燃起了熊熊大火，人們改用火葬屍體及死者衣物，病原由此逐漸減少並得到了控制。
這個傳說並未見諸《伯羅奔尼撒戰爭史》，火確實可以淨化空氣，但希波克拉底對於此次瘟疫的影響無法證實。
據修昔底德記載，雅典瘟疫起源於衣索比亞的一些地方，後傳播到埃及和利比亞以及波斯王國的大部分領土。今天的醫學家和史學家們雖然有各種推定， 但瘟疫最初是怎樣產生、為什麼突然結束等等一系列問題，至今仍然是不解之謎。
崇尚神靈的古希臘人，戰爭的勝負都被他們歸結為神的旨意，瘟疫被他們認為是神靈對人間罪惡或過錯的懲罰，而瘟疫止息，就意味著神靈對他們的寬恕。
女神雅典娜雕塑。雅典娜被視為雅典的守護神。（維基百科）古希臘本來崇尚純潔高尚的精神生活，但瘟疫來臨之前，富裕發達的雅典人很多窮奢極欲，沉迷於物質享樂生活，亂倫、同性戀被視為正常時尚，社會盛行暴戾與殺戮，當人的道德敗壞已完全違背神旨時，雅典自己招來了滅頂之災。
瘟疫結束後，雅典堅持與斯巴達作戰，但西元前429年及西元前427年冬，瘟疫再度出現在雅典。接二連三的重創打擊，以及國家領導人及宗教、軍事領袖接連死於瘟疫，使雅典最基本的政治秩序難以為繼，政治力量被削弱，軍隊和公民的士氣也跌到谷底。
西元前404年，斯巴達聯盟從海、陸包圍了雅典，雅典被斯巴達澈底擊敗，自此斯巴達取得了希臘霸權。
古希臘人相信神諭，即神靈附於人、通過人的口說出的神意，有預言性質。
一位雅典先知在瘟疫前曾警告過雅典人：
「與斯巴達人的戰爭將會到來，並帶來一場大瘟疫。」◇
