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兩岸航線在本月10日降至4個城市5個航點，但由於疫情在中國持續擴大，各界擔憂剩下的航線恐成防疫破口。有醫師表示，站在防疫角度，全面中斷兩岸航線會是最佳作法，「是台灣疫情爆發的經濟損失大，還是中斷兩岸航線的損失比較大，政府可以加以評估。」
武漢肺炎疫情升溫，兩岸直飛航班在2月10日起全面限縮，只保留北京、浦東、虹橋、廈門、成都等4個城市5個航點的航班。但隨著疫情在中國的全境擴散，許多城市相繼淪陷，傳北京也已爆發大規模群聚感染，各界擔憂，剩下的兩岸航線也可能成為防疫破口。
台灣兒童感染症醫學會理事長李秉穎表示，兩岸之間還有五個航線，這可能讓漏網之魚進來台灣，由於武漢肺炎有無症狀感染的患者，居家檢疫14天無法保證一定沒有病毒，因此站在防疫的角度，台灣最好全面中斷兩岸航線。
李秉穎表示，現在不中斷兩岸航線是因為有經濟考量，但政府還是得進一步思考，萬一疫情在台灣擴大，台灣遭到其他國家斷航的損失，勢必遠大於我方斷兩岸航線的損失，該怎麼做他沒有定見，由政府衡量決定。
「武漢肺炎真正可怕的，不是造成生命的危險，而是對經濟造成的衝擊。」李秉穎表示，中國在停工後還要勉強復工，背後是因為疫情已造成製造與供給間的失衡，連帶3C製造業都受到影響，美國股市近期也因為疫情大跌。
李秉穎說，「SARS大流行時重創全球經濟，而現在圍堵武漢肺炎就得先付出經濟損失，否則這個病毒傳染力類似於流感，不容易受到控制，且圍堵很困難，一旦大規模流行時又會衝擊經濟。」
李秉穎說，武漢肺炎的致死率遠高於流感，而流感每年造成上百人死亡，已對台灣造成很大的疾病負擔，可想像疫情若失控，對台灣造成的衝擊會有多大。
李秉穎表示，面對這樣的病毒，各國都要很積極地做防疫，台灣就做得很積極，但即使如此，仍不能保證不會有漏網之魚，只能讓進入台灣社區感染的機會變低，但不會讓變成零。
