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總統蔡英文與副總統賴清德週三（5月20日）宣誓就職，日本政府發言人、內閣官房長官「菅義偉」在記者會上表示祝賀，稱日本和臺灣是擁有基本價值觀的「重要夥伴、寶貴朋友」，在蔡英文展開第二任任期之際，日本也渴望與臺灣深化關係。
《日本時報》報導，日本政府發言人菅義偉週三在記者會上說：「臺灣蔡英文總統今天展開第二任任期，對此表示祝賀之意。臺灣之於我國，是共享基本價值觀、有緊密經濟關係與人員往來的重要夥伴、寶貴的朋友。政府將基於與臺灣維持非官方間的實務關係，更進一步深化日臺之間的合作與交流。」
菅義偉還表示，要藉此機會再度感謝臺灣各界人士在這次防疫過程中給予日本的溫馨支援，期盼今後臺日也能一起加強合作。日本在4月時急需醫療物資，臺灣當時捐贈了2百萬個口罩給日本。
日本外務大臣茂木敏充週二在內閣會議提出的2020年版外交藍皮書中形容臺灣是日本「極為重要的夥伴」，相較於去年所形容的「重要夥伴」，今年等級再度提升。另外，藍皮書中也首度記載「日本政府一貫支持臺灣以觀察員身分參與世界衛生大會（WHA）。」
