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針對教育部預告教師升等審查修正草案，國立臺灣大學、臺灣師範大學及臺灣科技大學三校校長聯名投書媒體，質疑修法設下繁瑣規定，有侵犯大學自治之虞。教育部表示，介入皆有前提，非直接干涉大學自主。
教育部日前預告「專科以上學校教師資格審定辦法修正草案」，草案規定學校教評會「應尊重外審委員之判斷，不得僅以投票方式推翻外審結果」，另外修正條文也提到教育部得要求學校另組教評會續行審議；必要時得由教育部部指定的代審機構辦理。但學校教評會是依研究、教學及服務三項成績，綜合判斷投票審定教師升等資格，非僅依學術研究表現。
臺灣大學校長管中閔、臺灣師範大學校長吳正己、臺灣科技大學校長廖慶榮14日聯名投書認為，草案對於各校教師升等審查辦法設下了各項繁瑣規定，不僅當中有諸多爭議，更有侵犯大學自治之虞，將對大學提升國際競爭力產生嚴重後遺症。更忽視教評會在做決定時必須兼顧「教學」及「服務」兩項成績，勢將對學校及教師工作權均造成嚴重影響。
投書內容提到，修正草案規定「教育部得要求學校另組教評會續行審議，於必要時並得由本部指定之代審機構辦理」，此舉已違反大法官釋字380號的精神，大學內部組織、教師聘任及資格評量，應屬於大學的自治權限。
教育部回應，教師資格審定為學術自主事項，應尊重學校專業判斷，但也攸關教師權益，不僅須踐行正當程序，實體評審時也應注意適當性；針對臺大系統提出的意見，其實施均有前提要件及範圍，並非教育部直接干涉大學自主。
教育部舉例，修正條文提到教育部得要求學校另組教評會續審，必要時指定機構代審，前提包括學校未依行政法院確定判決重為審定，或違法處置經教育部糾正或限期改善且屆期未改善等情形，因此教育部據以要求學校須有明確作為，以保障教師權益。◇
