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《工廠管理輔導法》上路近一年，農地違章工廠僅拆除4件，多個民間團體批評蔡政府即報即拆的承諾跳票；處理農地違章不應只靠單一部會，更不應把拆除責任全推給地方政府，環團要求成立跨部會新增農地違章拆除專案小組、建立中央與地方聯合拆除農地違章SOP，以及中央與地方應有一致的違規者自費拆除法規。
蔡政府承諾2016年5月20日之後，農地新建違章工廠即報即拆。地球公民基金會山林國土組研究員蔡佳昇說，根據農委會農地盤查，有4,558公頃農地遭到疑似工廠違規轉用，但依經濟部公開資訊顯示，目前依《工輔法》拆除的工廠只有4間。
地球公民與g0v.tw台灣零時政府共同開發的「農地工廠回報系統」，上線1年已收到近500間農地新增工廠舉報，超過1,400張農地鐵皮屋照片，檢舉其中240間，也僅拆除7間。蔡佳昇說，沒有任何一個縣市訂定未登記工廠檢舉獎勵自治條例，全民監督都只是當初修法的話術。各地方工業科也表示，違建工廠沒有加工製造事實、未達工廠認定標準，就無法可罰。
彰化環境保護聯盟總幹事施月英提到，去年監察院帶隊前往遭檢舉的兩間農地工廠，一間塑膠工廠勒令停工、搬遷他處，建築體卻還沒拆除；另一間面積約7,500平方公尺（18個籃球場），監委勘查時，裡面放置生產機臺，約20位員工正在組裝、包裝。但卻因並非製造、加工，被認定不屬於工廠。
經濟部認定，沒有製造、加工事實就不處理；農地上正在興建，甚至已有非農用違法建物，內政部與農委會也都不處理。
「消防員在第一線工廠救災冒著很大的危險。」消防員工作權益促進會常務監事藍毓傑說，2019年臺中大雅案就是違章家具工廠，火勢非常猛烈，兩名消防人員殉職；對第一線救災的消防人員來說，工廠最危險，而鐵皮工廠的火災影響消防人員最深。希望政府拿出權力，正視並實際提出作為，遏止違章工廠在農地上長出來。
地球公民基金會等團體要求，行政院長蘇貞昌應召集經濟部、內政部、農委會、環保署、財政部，成立「跨部會新增農地違章拆除」專案小組，確保跨部會之間資訊的對齊，協助地方政府解決人力、經費及資源有限問題，建立中央、地方聯合拆除農地違章SOP；中央、地方應建立一致的違規者自費拆除法規。
行政院發言人羅秉成說，政府除持續查處違章工廠，依法執行停止供水、停止供電或拆除等行政措施外，各部會也已整理優先查處名單，供地方政府據以執行。
羅秉成說，2020年經濟部交付地方政府優先查報700多家；2021年初再交付地方政府優先查報113家，已處停工或歇業30家。政府也從源頭管制農地用電、縮短違規查處時程、修訂裁罰基準，並加速停供水電等行政措施，加強督導並協助地方政府盡速執行。◇
