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疫情升溫，衛生福利部臺東醫院配合中央疫情指揮中心及臺東縣政府的調度，啟動全院清空計畫，5月26日起不收急診病患，並自5月29日起也停止門診受理，只接受衛生局安排就醫的病人，成為負責收治武漢肺炎病患的專責醫院。
由於臺東縣已發生確診案例，在衛福部東區醫療網積極協調下，部立臺東醫院即日啟動全院清空計畫，即日起不收急診病患，預計28日全院可清空，另外，自29日起也停止門診病人受理，只接受臺東縣衛生局安排就醫的武漢肺炎病患。
臺東縣政府表示，在整合醫院分艙分流方面，除部東醫院為指定醫院優先收治確診病患，重症個案將轉至臺東馬偕紀念醫院，臺東縣負壓病床共17床，自5月17日啟動備用，而第一階段專責病床30床也於21日全數啟用，未來若有需要，相關醫院也準備好啟動清床。另外，全縣16個衛生所也提供慢性病患通訊看診服務。
