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疫苗進口皆需要經過食藥署審核，給予緊急授權，但國內尚未購得BNT輝瑞中共肺炎(武漢肺炎)疫苗，卻出現在「疫苗接種須知暨意願書」（EUA）上，引發議論。對此，陳時中表示，今年初有接獲COVAX訊息，要配發9.5萬劑的BNT輝瑞疫苗給臺灣，但在5月卻被通知，無法供應，但當時不覺得要怎麼特別更改文字，所以上面才會出現相關文字。
根據疾病管制署於「COVID-19 疫苗接種須知暨意願書」（EUA）3月10日的第一版本中寫到，「Pfizer-BioNTech 之 COVID-19 疫苗是含有 SARS-CoV-2 病毒棘蛋白之 mRNA 疫苗，本疫苗已通過 WHO、歐盟、美國等先進國家及「我國」緊急授權使用」，但目前該份資料已遭撤下，而是用更新版，引發網友議論為何疾管署突然刪除資料。
對於，網友質疑既然沒有要進口，為什麼要寫。對此，陳時中說明，前一波合約有些延遲及觸礁，但指揮中心沒有完全放棄希望，在今年1月底有接獲COVAX訊息，要配發9.5萬劑的BNT輝瑞疫苗給臺灣，當時我方表達願意接受，但因疫苗近來需要列入緊急授權，但在5月3日卻被通知，無法供應
陳時中說，1月底有接獲COVAX要配發，台灣也有被配發9萬5千劑BNT疫苗，疫苗進入要施打階段一定會有緊急使用授權EUA，因此3月的疫苗接種意願書有將BNT疫苗列入緊急使用授權，但很遺憾的是5月3日COVAX通知無法供應臺灣BNT疫苗。
陳時中表示，整個疫苗施打計畫中，原先是有包含BNT輝瑞疫苗，「但很遺憾」後來COVAX無法供應，只是當時也不覺得說要特別怎麼改，所以有相關的文字。
疫情有可能流感化 陳時中：打疫苗也難「清零」
對於近日雙北積極進行第四級疫情警戒擴大管制的兵推，甚至傳出不排除「封城」，陳時中表示，很多地方政府的相關演練，主要是讓大家心中有譜，指揮中心也不斷進行相關演練與討論，但目前並沒有封城的打算，現在還是好好將三級警戒做好，從目前個案數來看有些效果，但現在還是「言之過早」，但下週應該會有初步的研判。
陳時中也坦言，「打疫苗不會讓所有病例清零」，記得去年前副總統陳建仁就有說過，這樣規模的感染有可能「流感化」，所以如何將疫情控制在一定範圍，大家都在努力，至於澳洲經過長時間封城後，近期又出現本土案例，「這是很難免的」，但只要不造成大規模傳播、能控制得住，也算是成功，後續也會持續努力，依照疫苗供應量提供大家施打，並將現行的三級警戒做好。
遭批疫苗採購留配額給國產 陳時中說明疫苗布局
資深媒體人李艷秋質疑政府國外疫苗採購量不足，為的是要留給國產疫苗這部分，陳時中表示，指揮中心在去年就把疫苗佈局基本方向定出來了，包含爭取在國內代工授權製造、國外疫苗採購、發展國內疫苗，當然國外疫苗採購是最快的，但若沒有其他路線輔助，疫苗就會受制國外，因此國內製造就很重要，並透露已有簽訂國產疫苗的預採購合約。
國內製造部份，陳時中說，當中包含自有品牌及代工，像是代工本來有相當的談判，也組織了製造廠，但最終功敗垂成；至於國產疫苗部分，陳時中則說，政府都有給予輔導、研究經費，但沒有說二期一定會成功，也希望能夠成功，現在透過採購國外疫苗，加上國產疫苗，就會比較足夠。
國外採購方面，陳時中表示，佈局上從國外採買了1000萬劑AZ疫苗，COVAX則是下訂了476萬劑，再加上莫德納疫苗505萬劑，本來有一個BNT的佈局，但後來就停頓下來了。
