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為保障國家安全與利益，國防部5日預告「國家中山科學研究院人員申請出國出境辦法草案」，未來中科院包括院長、副院長、替代役等約1萬名相關人員，出國必須申請核准，離退3年之內的涉密人員亦須受規範。另，除因特定條件獲准，受規範人員不得在中國、香港、澳門等地轉機，更不得進入這些地區。
立法院會5月三讀修正通過國家中山科學研究院設置條例部分條文，規定中科院人員應經中科院核准始得出國、出境，並由國防部訂定出國申請、核准條件、程序等施行辦法；國防部7月5日預告訂定「國家中山科學研究院人員申請出國出境辦法草案」，並於7月19日前蒐集各方意見之後擇期實施。
草案規範適用對象包含中科院所屬的現役軍人、公務員、研發替代役男及具勞工身分者，受聘董事、監事、諮詢顧問、諮詢委員，及簽訂契約執行國防科技事務，涉及國家機密、軍事機密、國防祕密的團體或個人；據悉，相關人數約1萬人。
草案亦訂定，任職期間曾辦理國家安全、利益或機密業務者，若退離職未滿3年欲出國、出境，亦須經核准。若未經准許而擅自出國者，則根據身分、涉密程度、情節輕重等，輕者依照《入出國及移民法》第77條，處以10萬元以上罰鍰，重則根據《國家機密保護法》第36條，處以2年以下有期徒刑。
草案指出，除非因特定條件獲准許，否則受規範人員不得在中國、香港、澳門等地轉機，更不得進入前述地區；若未經核准出國、出境，除了依違反《入出國及移民法》、《國家機密保護法》及《臺灣地區與大陸地區人民關係條例》及相關法律，由各相關主管機關依法處罰外，也由中科院檢討行政責任。
