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國內增1例個案死亡、1例本土中共病毒（武漢肺炎）確診個案，及5例境外移入。日前長榮機師（案16066）完整接種兩劑疫苗、超過14天，「突破性感染」，確定染印度Delta變種病毒，指揮中心指揮官陳時中宣布，9月15日零時起，航空機組員檢疫規定加嚴，長程航班改採「7+7」、「5+9」，短程則採「14+7」、「7+7」當中皆需搭配採檢。
陳時中表示，國際印度Delta變異株疫情持續嚴峻，傳播力強、發病時病毒量高，且國外頻傳完整接種疫苗後「突破性感染」案例，考量整體流行病學特性與過去Alpha英國變異株顯不同，決定加嚴機組員返臺防檢疫規定，將於今(2021)年9月15日零時起(航班抵臺時間)實施。
入境旅遊疫情第三級地區的長程航班機組員，若未完整接種疫苗，必須進行7天居檢(PCR採陰)+7天加強自主健康管理+D10、D14 PCR採檢(得採深喉唾液或鼻咽拭子)；完整接種者，也就是完整接種疫苗達兩週且抗體檢測陽性者，則是進行5天居檢(PCR採陰)+9天加強自主健康管理+D9、D14 PCR採檢(得採深喉唾液或鼻咽拭子)。
當班往返且未入境第三地的短程航班機組員，未完整接種疫苗，需進行14天加強自主健康管理+每7天PCR採檢(得採深喉唾液)；完整接種疫苗者，進行7天一般自主健康管理+每7天PCR採檢(得採深喉唾液)。
另針對外界關心，首批BNT疫苗何時抵臺？陳時中表示，BNT疫苗預計週四（2日）清晨才會抵臺，「飛機已經起飛了」，另外，疫苗將在1、2週陸續到貨，確切時間確定了，會向外界說明。
境外增5確診 兩人「突破性感染」
新增的1例本土病例(案16110)，為60多歲女性，因曾接觸其他確診個案，由衛生單位安排居家隔離，8月23日出現流鼻水、喉嚨癢等症狀，因症狀輕微未就醫，在8月31日進行解隔離前採檢，於1日確診(Ct值24)。個案隔離期間無接觸他人，故無匡列接觸者。指揮中心指揮官陳時中表示，該病例相對單純。
至於5例新增的境外移入個案中，分別自阿拉伯聯合大公國(案16106、案16107)、奈及利亞(案16108)、尼加拉瓜(案16109)、美國(案16111)入境，入境日介於7月2日至8月30日。
指揮中心醫療應變組副組長羅一鈞說明，當中有3例曾接種過疫苗，兩位自阿拉伯聯合大公國入境的入境個案，分別在1月及2月，完整接種過兩劑的中國國藥疫苗，但因兩位5月曾在杜拜染疫，研判為先前已經確診個案，採檢CT值超過30，即便復陽也不具傳染力，根據病史符合「突破性感染」定義，至於自美國入境的個案，則是在8月下旬接種過一劑嬌生疫苗。
指揮中心統計，截至目前國內累計16,001例確診，分別為1,420例境外移入(原1例本土病例案16087，其8月30日血清抗體檢驗結果顯示為非近期感染，改判為美國境外移入)，14,528例本土病例，36例敦睦艦隊、2例航空器感染、1例不明及14例調查中；另累計110例移除為空號。2020年起累計 826例本土個案死亡。
