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具中共官方背景的「清華海峽研究院」，於清華大學設新竹辦公室，被認定違反《兩岸條例》。教育部長潘文忠11日表示，教育部已發函全國各大專院校，並重申大學與中方單位合作時，一定要做好自主管理，避免觸犯法規。
教育部於10月26日接獲陸委會來函，認定清華海峽研究院有違反《兩岸條例》疑慮。9日與經濟部、陸委會等組成專案小組到清大調查，初步認定有違反《兩岸條例》第33條之1、第40條之2規定，將移請相關部會裁罰。
立法院教育及文化委員會11日審議教育部預算，會前潘文忠接受媒體聯訪，被問及教育部盤點各大學與中國交流的進度。對此，潘文忠指出，教育部9日正式函知全國大專院校，希望各校與外界合作時，尤其是與中國單位交流，一定要做好相關檢視；公函才剛發出，現階段希望學校確實做好自主管理，依照相關法律規範，先進行自我檢視。
教育部9日的函文指出，兩岸教育交流目的應本「平等互惠」原則，師生活動及校內空間對外租賃或開放運用時，應符合《兩岸條例》第33條之1規定，非經過主管機關許可，不得與中共黨務、軍事、行政，以及具政治性機關、團體或涉及對臺政治工作、影響國家安全或利益的機關、團體為任何形式的合作行為。
另外，同法條也規定，非經主管機關許可，不得與中國人民、法人、團體或其他機構，有涉及政治性內容的合作行為，或是聯合設立政治性法人、團體或其他機構。◇
