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具中共官方背景的「清華海峽研究院」於清華大學設新竹辦公室，被認定違反《兩岸條例》，因此教育部函文各大專校院，提醒大學與中方單位交流時要做好自主管理，此舉引起學界擔心政治涉入學術自由。對此，教育部長潘文忠表示，中共組織在臺灣校園設立辦公室，明確違法，並非政府干預學術自由，面對中共的文攻武嚇，臺灣應特別留意，「這不是限制，是把關」。
資深媒體人黃光芹17日在網路直播節目《新聞不芹菜》中專訪潘文忠，與談主題為「紅共入侵校園？ 潘文忠怎麼辦？」黃光芹表示，清大事件引起社會關注，教育部表示要全面查核各校是否有類似情況，對此，臺大校長管中閔說，政治不該介入兩岸學術交流，作家白先勇也表示，無論哪個政府，不准干預學術自由。
潘文忠解釋，教育部一向尊重大學的學術交流，清大的案例是中共組織透過分支機關，在臺灣校園設置辦公室，明確違反《兩岸條例》。大學應用非常多國家公共資源，因此透明可稽是必要的，申請的程序、合作的內容及相關事務，都在幫大學把關，潘文忠強調，「這不是限制，是把關」。
大學用國家預算 須防技術外流
「尤其臺灣是個高科技、研發成果非常豐碩的國家，大學使用國家預算，且許多高科技成果涉及到國家機密，須避免相關技術、機密外流，影響到國家產業發展。」潘文忠說。
潘文忠表示，清大租用校舍允許對岸研究院來臺設立分支辦公室，不僅違法，也未經過相關程序申請許可，「這不涉及學術自由等問題」，他說，《大學法》開宗明義保障學術自由，但前提是必須在法律的範圍，但清大租用校地已抵觸法令，本身就該依法處理。
除了出租場地，潘文忠也提到，教育部與相關部會也在審慎了解，清大是否有相關人員實質參與清華海峽研究院。他強調，中共近年對臺灣文攻武嚇，也時常看到軍機繞臺，統戰、情資收集各種手段層出不窮，學者從事兩岸交流時務必留意勿觸法。政府需要一套思維，才能維護真正的學術自由，並避免危害國家安全。
據教育部的函文指出，兩岸教育交流目的應本「平等互惠」原則，師生活動及校內空間對外租賃或開放運用時，應符合《兩岸條例》第33條之1規定，非經過主管機關許可，不得與中共黨務、軍事、行政，以及具政治性機關、團體或涉及對臺政治工作、影響國家安全或利益的機關、團體為任何形式的合作行為。◇
