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中央流行疫情指揮中心於2021年4月15日，將國籍航空機組員返國檢疫措施調整為「3+11」，遭外界質疑決策時間短、無會議紀錄，是造成後續本土疫情爆發的原因。監察院調查，指揮中心決策考量雖有所本，且無法規明定應做成會議紀錄，但未對外詳加說明，應檢討改進。
監委浦忠成、蘇麗瓊調查，桃園機師工會、機師工會代表分別於2021年2月、3月向指揮中心、桃園市長鄭文燦陳情，表達航空機組人員受有「檢疫-執勤-檢疫」無限輪迴的身心壓力，可能增加飛航事故風險等意見，也有立委於4月召開「機組人員防疫健康管控措施協調會」，可見指揮中心決定實施「3+11」已通盤考量，非未經評估率性而為。
調查報告指出，「3+11」決策過程是於2021年4月13日由指揮中心疫情監測組周姓組長、邊境檢疫組何姓副組長、社區防疫組莊姓組長、醫療應變組薛姓組長，以及疾管署急性傳染病組楊姓組長、感染控制及生物安全組曾姓組長等人討論研議後，共同向時任指揮官陳時中面報；經指陳時中板決定後，於同年4月14日召開記者會宣布。
監委們表示，雖然現行法令並未明確規範指揮中心指揮官作成決策前須經何種會議的法定程序及應否製作、公開會議紀錄，但由於自2021年4月13日起連續3天陸續完成決策、公布及實施，且與機師工會陳情、立委轉達意見的時間接近，難免使人誤解指揮中心的立場，而指揮中心卻未能善盡對外詳細說明之責，也未積極溝通釋疑，實有改進空間。
雖然指揮中心的決策考量是有所本，但監委們強調，防疫措施的變更動輒影響千萬以上國人的身心健康及生活安排，指揮中心如何決定及變更防疫措施是否應製作會議紀錄及公開，對人民知的權利實具相當重要性；依《中央法規標準法》規定，「其他重要事項」應以法律定之，衛福部應將製作及公開會議紀錄納入修訂《傳染病防治法》時考量。◇
