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行政院組改修法，未來新設部分三級機關首長採「常務、政務」雙軌制，增加政治任命，國民黨表達不贊成。對此，行政院發言人羅秉成20日在例行院會後記者會表示，目前三級機關7首長可雙軌，僅3個是用政務官，未來改組後127個首長中多4個，共11個首長採雙軌制，比例7％，「說摧毀常務文官體系，是言過其實」。
為兌現總統蔡英文組織改造承諾，立法院拼三讀通過《行政院組織法》修正案。涉及六部會組改，包括：農委會升級「農業部」、環保署升格「環境部」；營建署分拆「國土管理署」及「國家公園署」；交通部觀光局升格「觀光署」；中央氣象局升格「氣象署」；經濟部新設五個署（商業發展署、產業發展署、國際貿易署、能源署、中小及新創企業署）。
在野黨立委質疑，修法新設三級機關部分首長採「常務、政務」雙軌制，增加政治酬庸，破壞文官制度。人事總處說明，常務任用優先，有些機關因專業需要特殊性，需從民間或學界攬才，須經立法院同意，始得政務任用。
法律授權可雙軌制首長包括：環保署毒物局、健保署、數位部產業署、數位部資安署、內政部空勤總隊、國防部全動署、海委會海保署，（目前僅後三個是政務官）。本次組改新增十個屬，其中「經濟部產發署、能源署、中小企業署，交通部觀光署」四個署長可雙軌制。
對此，羅秉成20日在政院會後記者會表示，這是政府組織永續發展議題，大家可理性討論，不用做過度政治操作或渲染誇大；《中央行政機關組織基準法》第18條早有規範，「將近20年來，這樣的運作沒問題」。
羅秉成強調，目前123個三級機關首長中，只有7個可以雙軌，「這7個職務中，真正派政務官的僅3個，比例其實非常低」。「把現在7個加上未來4個，才11個，以後變成127個三級機關，所占比率只有7%，這樣怎可能會說摧毀常務文官體系？這個言過其實」。
羅秉成強調，組織雙軌或單軌，其實有增有減，這次組改，環保署升為環保部，本來毒物局是雙軌，改署後反而變單軌，所以是看組織功能需求調整。
羅秉成也說，其實很多部會首長政務官都是常任文官表現優異，拔擢變政務官，如秘書長李孟諺、財政部長莊翠雲、經濟部長王美花等，把國家人事用人為才，誇大成摧毀體制，是太小看政府常務文官體質，政黨輪替後已非常穩健，這是民主成熟表現，在單純組改問題上大做文章沒有必要。
