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行政院2023年10月通過「中央政府嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別決算」，並提送監察院審查，審計部15公布審核報告，鑑於整體經費規模高達8,393億餘元，因此就疫苗採購與接種、醫療照護、防疫物資整備、紓困補助、振興券發放等面向，研提54項重要審核意見。
審核報告指出，政府為防杜COVID-19（中共病毒）入侵，並因應疫情對國內經濟社會的衝擊，於2020年2月25日制定《嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例》，並編列「特別預算」600 億元；復因全球疫情嚴峻，辦理4次追加預算，提高所需經費上限至8,400億元、延長施行期間至2022年6月30日，後經立法院同意再延長一年。
在「特別預算」中，自2020年1月15日起，歲入預算無列數、歲出預算8,393億3,900 萬元。經審核後歲入審定實現數為18億2,485萬餘元，主要來自衛生福利部集中檢疫入住費收入；應收保留數4,514萬餘元，主要是衛生福利部依《傳染病防治法》規定裁處的罰鍰案件，已移送行政執行署相關分署執行中，合計決算審定數為18億7千萬餘元。
而歲出部分包括防治經費2,294億8,272萬餘元、紓困振興經費6,098億5,627 餘元，實現數經修正減列3億6,920萬餘元、增列保留數8,745萬餘元，審定實現數8,323億4,380萬餘元（99.17％），應付保留數24億1,593萬餘元，合計決算審定數為8,347億5,974萬餘元；經移用以前年度歲計賸餘300億元、舉債6,344億7,966萬餘元支應，並配合歲出預算保留舉債預算1,684億1,007萬餘元。
而就執行成果來說，在防治計畫部分，因疫情初期推行邊境檢疫及境內隔離等措施，辦理入境採檢109萬餘人次、設置63家集中檢疫場所、提供檢疫隔離所7,889間、收住14萬餘人與服務133萬餘人日；其後辦理疫苗採購及接受捐贈 9,267萬餘劑、到貨7,657萬餘劑，前2劑疫苗接種人口涵蓋率均逾80％，追加劑接種涵蓋率73.4％。
此外，政府也收治住院病患22萬餘人、提供輕症患者居家照護服務2,700萬餘人次。另於疫情期間採購（徵用）口罩，並推動實名制銷售17億餘片、快篩試劑7,540萬餘劑；並召開1,360場記者會、發布2,200則新聞稿，及接聽1,950 萬餘通1922諮詢專線電話等，以進行民眾溝通及衛教宣導，提供民眾正確防疫觀念。
綜觀本特別預算執行結果，審計部認為，尚能控制疫情發展及緩解受疫情影響之產業及個人衝擊，暨提振國內經濟等，有助於對民眾生活產生正面影響，並發揮特別預算之功能；惟整體防治、紓困及振興計畫之執行過程，尚有須改善與強化空間，有待政府全面審視檢討及完備各項處理機制，以作為日後新興傳染病之因應對策。◇
