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黏膜受損蛋白漏
全身性紅斑狼瘡對腸胃道的攻擊，主要是黏膜潰瘍，但有些是因服用過多的止痛藥，大部分是用來控制關節痛而導致的胃腸潰瘍。有一種嚴重的併發症，稱為「蛋白丟失性腸病」，就是因腸胃道受傷太嚴重，大量血漿蛋白自腸胃道流失，最後導致全身水腫、血液中白蛋白過低。這種併發症不多見，但好發於少數年輕女性。
胰臟受到攻擊時，腹部疼痛會轉劇，向後背方向放射性的疼痛，常伴有噁心嘔吐，血清澱粉酶（Amylase）會升高，稱為狼瘡性胰臟炎。肝臟攻擊也多見，表現為肝功能異常，人顯得疲累，嚴重的會有黃疸，稱為狼瘡性肝炎，好發於年輕女性。
血液系統病變多
血液系統病變也是很明顯，常見貧血、白血球降低、血小板減少，有一半病患會有這些現象。貧血是多種原因共同構成，如腎臟功能已受損，促紅血球生成素（EPO）分泌就會減少，導致造血不足，產生貧血；還有一種更可怕的，就是免疫系統直接攻擊紅血球，導致免疫性溶血性貧血，血紅素一次掉2，相當於流失近2千C.C.，長期溶血導致病患越來越虛弱，類固醇越吃越多，治療起來相當棘手。急性大量失血可導致病人瀕臨死亡，長期貧血也可能讓心臟衰竭。
還有長期生病，體內葉酸、維生素都缺乏，導致貧血，此種較無特異性，表現為乏力、心悸與臉部蒼白，眼瞼與指甲的顏色比較淡。
白血球的減少意味著免疫力下降，有乏力、頭暈、精神不好，有些病患因此常感冒，感冒導致免疫系統又被啟動，免疫攻擊更加猛烈且紊亂。有些病患是因使用免疫抑制劑導致白血球下降。
全身性紅斑狼瘡併發血小板減少更是常見，高達20%~40%，也可算是病情活動性的一項參考指標。血小板抗體的產生讓血小板破壞過早，常有牙齦出血、口腔黏膜與舌頭出血，還有流鼻血與月經淋漓不盡；血小板進一步降低會讓腸胃道、泌尿道，甚至是腦部出血。
神經精神出問題
神經精神系統症狀發生稱為神經精神狼瘡（NeuroPsychiatric Lupus Erythematosus，簡稱NPLE），會出現中樞神經系統損傷、腦病變與各種精神障礙，周圍神經系統也會出問題。病程日久會出現類精神分裂特性，如妄想、狂躁、幻覺、木僵。有些病人出現情緒障礙，被當作情緒病治療，如焦慮不安、失眠易怒，後來才發現是紅斑狼瘡併發症。若產生癲癇，無論是大發作、侷限性發作還是小發作，皆表示病情已在終末期。
