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抗瘧藥不是類固醇，但在諸多免疫疾病中應用廣泛，在紅斑狼瘡中對於某些非器官受損情況有效。抗瘧藥不會抑制骨髓、不會增加身體被細菌或病毒感染的機率；最常應用的藥物是奎寧（Quinine）。
抗瘧藥使用歷史較久，在1630年代就已經應用於治療發熱，到1894年Payne將抗瘧藥應用於皮膚狼瘡病人身上，收到一定的效果。抗瘧藥經過多年的試用與改良，發現許多不同的作用，如抗光敏感、調整免疫、抗發炎、類固醇樣作用、抗氧化、抗血小板、抗微生物、抗肌肉神經與心臟、抗高血脂等等。
抗瘧藥在紅斑狼瘡的應用，最主要是對於皮膚病變、關節疼痛、胸膜炎與輕微的心包炎有效，對於免疫活動的不適與嗜睡等都有一定的調整作用。奎寧對於系統性紅斑狼瘡的中樞神經系統病變、血液病變與腎臟病變無效。一旦紅斑狼瘡症狀較為緩解，抗瘧藥可以幫助減輕類固醇使用量，還可以減少全身紅斑狼瘡動脈栓塞的發生率。
抗瘧藥也有其副作用，有許多是腸胃症狀，如厭食腹脹、腸胃痙攣、胃燒灼感、噁心嘔吐、腹瀉消瘦等等，這些症狀在劑量減輕後可改善，沒有後遺症；還有些人會有皮膚乾燥、蕁麻疹、皮膚搔癢、色素改變、牛皮癬、表皮脫落等等，少部分人會因這些副作用而停藥。
奎寧還有一些不良反應，如神經毒性，表現為頭痛與肌肉神經病變；奎寧使用量太大，還可能有眼睛的毒性作用，如視網膜炎、視力模糊、失明等等，這是藥物在視網膜的色素上皮細胞沉積的結果。奎寧還可能有誘發心律不整的作用，心臟病患應慎用。
