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暴亂的目標集中於當地華人，暴徒所到之處打、砸、搶、燒、殺，對華人社區進行有步驟的大清洗，並在光天化日之下對華人婦女施暴。有目擊者說：暴徒們穿著軍靴，被人用軍用卡車運來。他們點著汽車輪胎和合板牆，把人群從貧民區中引出來。然後他們高喊「宰了中國人，燒死他們，這些中國狗」，接著開始搶劫商店和超級市場。
暴徒把商店財物搶掠一空後，便把數以百計的婦女集中起來，然後強行脫光她們的衣服，進行集體輪姦，有些不幸虛脫而死，更有些婦女被奸後遭拋進火坑燒死，慘不忍睹。他們還把在場的女子中較年輕的（往往只有10歲或者11歲）抓過來，當著其他人的面，在她們的母親、父親、丈夫和兄弟的面前施以暴行，三次到五次。一家雜誌報導，一個父親被迫當著一家人的面褻瀆自己的14歲女兒。
耶穌教會神甫桑迪亞萬說：「有一些人打電話給我說，有人活活被燒死，但是無論是武裝部隊還是救火隊還是救護車都不來救援。」他還說：「有一個家庭的大女兒說，大火熊熊，她的兩個妹妹被強姦。」一個妹妹被扔進火中，然後輪到她遭侮辱。在一輛公共汽車裡也有婦女被強姦。有一次一個12歲的姑娘竟然遭到七、八個男人玷污。
據美國《紐約時報》披露，印尼暴徒曾對受害者說：「因為你是華人，所以被強姦。」
印尼「排華」暴行引起世界震怒
6月份，印尼一名華僑把一封求援信寄至某報，揭露了印尼暴亂期間，暴徒的無恥行為。接著，印尼一個華人團體發出《告全世界同胞書》，呼籲全球華人就目前印尼暴亂中華人的遭遇，向印尼駐各國使館抗議，同時敦促各地華人社區要求世界人權組織主持公道，同聲譴責印尼當局。這封由署名為「印尼雅加達華裔受難族群」發出的信件指出，5月13日及14日在雅加達爆發的暴亂，「是印尼有組織反華集團針對華裔居民搶劫、屠殺、縱火焚燒房屋、商店、當眾強姦華裔婦女」。信件特別指責暴徒「集體輪姦婦女及小女孩，並把部份受害人活活燒死」。
