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這份調查報告受到普遍質疑，因為其發現和結論基本在各種媒體上都曾有過相關報導，同時報告中存在著明顯「淡化」和「遮掩」痕跡，公佈的數字與估計相差甚遠。
2008年5月15日，在「5月暴亂」10週年紀念儀式上，印尼婦女人權委員會發佈特別報告書指出，大批華裔婦女在1998年5月暴亂中遭到強暴是不爭的事實。她說，受害者中大部份被集體強姦，甚至有的性器官遭器物破壞，另有許多遭到性騷擾，受害者人數遠超過5月暴亂調查團所統計的85起案件。
據香港《明報》報導，雅加達人權與婦女研究組織經整理後的報告顯示，5月發生的騷亂中，印尼各地總共發生5,000多起暴徒強姦或輪姦華裔婦女的慘案，其中以雅加達每天發生的100多起最為嚴重。
然而，印尼政府對聯合實情調查委員會的調查報告或批評，或反駁、或沉默，甚至還有人對報告的真實性表示懷疑。1998年11月4日，國防部長兼武裝部隊總司令維蘭托公開為軍隊辯護，反駁調查委員會有關軍隊參與騷亂的分析。國防部長維蘭托、警察總長及情報總長在調查委員會進行調查期間，多次公開發表談話，否認有確鑿證據證明在騷亂期間發生暴力強姦案件。
2008年，在「5月暴亂」10週年時，神父蘇姆蒂對法新社記者說，他對印尼一些官員和民眾對於「華人婦女遭強姦證據」的質疑感到不滿，「一些活動人士和受害人因此收到了要他們『閉嘴』的威脅」。蘇姆蒂說：「我們想向國際社會證明，1998年的排華騷亂不是由印尼華人與當地人民的矛盾所致，這是一個『軍隊運作』。」
轉移矛盾 印尼軍方操縱發動「五月暴亂」
印尼1998年5月的排華暴亂事件的社會背景是：1997年的亞洲經濟危機波及印度尼西亞。印尼嚴重的貧困差距，在金融風暴後更加顯著，國內政治長期動盪不安。排華事件的導火索是雅加達大學學生的群毆致死事件和印尼政府一份統計報告，報告稱：印尼10％的華人佔有了國家50％的財富，從而激起了印尼穆斯林民眾的不滿。
很多分析認為，當時的印尼總統蘇哈托為轉移金融危機的壓力，緩和國內壓力，試圖通過分裂穆斯林中的傳統派與非傳統派、穆斯林與基督徒，乃至華人和土著人，來達到「削弱反對勢力」的目的，通過軍方情報機關刻意操弄族群對立而策劃煽動的。
有報導分析表示，帶頭搶劫、放火和強姦婦女的暴徒是乘著卡車甚至軍車而來、帶著軍人特徵；暴亂同時在不同地區有組織、有部署的發動；騷亂發生的30個小時內，軍隊和警察失蹤；在一些地方，駐守的軍警在暴動前數小時接獲指示撤走。
有報導稱，很多暴徒事前都曾在軍方單位中接受過訓練，以執行縱火搶掠和強姦華人婦女的任務；有消息還指暴徒每強姦一名華人婦女，就能得到2萬盾（約2.5美元）作為報酬。
