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當時的中共高層毛澤東和周恩來對此並沒有發表過意見，也沒有提出抗議。此後印尼從60年代中期開始長達三十幾年的反華、排華。蘇哈托在30多年的統治期間對華人採取歧視性政策，不准講華語，不准開辦華人學校，不准使用華文姓名，華人不能進入政府體制。
1968年，新加坡政府將印尼船員判刑，引起泗水的排華暴動；1970年，一名蘇拉維西的華人，由於對回教先知穆罕默德語出不敬，導致當地的反華行動；1973年8月，爪哇萬隆亦發生排華暴動；1974年，日本首相田中角榮出訪印尼，也引起印尼人的民族意識高漲，從反日示威演變成排華暴動。
80年代的印尼，排華運動由過去的零星事件，逐漸被有心人士用來擴張成攻擊性的大型暴亂，且愈演愈烈。1980年，在爪哇梭羅的一名華人與一個印尼中學生，因騎腳踏車互撞而發生口角，當地華人商店立即遭到攻擊。當時謠言四散，加重了排華情緒，使得暴動一路蔓延到三寶瓏，引起全國性的騷動，數十人傷亡。
1982年，印尼政府將排華歸咎於華人本身無法與當地人融合，宗教事務部甚至頒令，禁止華人基督教教堂使用華語傳道。
1983年，松巴窪島發生排華暴動，數十間華商被劫；1984年，雅加達發生排華暴亂，死傷數十人；1986年，泗水一名華人虐待女傭的消息傳出，引起當地長達數週的排華暴動。
總結這些排華事件根源，其起因正是中共向東南亞輸出革命造成的。除了印尼，當年中共輸出過革命的柬埔寨、馬來西亞、尼泊爾等國也曾經爆發各種規模的排華事件。
英國歷史學家霍爾的著作《東南亞史》分析說：「……由於共產主義在中國的勝利，東南亞的每一個國家都開始不安地意識到在它們當中存在著一支潛在的中共的『第五縱隊』。」「中國共產黨的目的是通過顛覆活動來促使當地政府樂於執行為它所滿意的政策。它的策略的一個顯著變化是，停止關心華僑利益的宣傳路線，明顯地拋棄他們的利益以便減輕當地政府對它的意圖的恐懼。」
