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北京迅速發展地鐵建設造成許多不為外界所知的影響和損失，其中由4號線列車運行引發的蝴蝶效應，使得北京大學約4億元（人民幣，下同）的精密儀器受振動影響而不能正常使用。
據《中國青年報》報導，北京大學內精密儀器總值約有11億元，之中約有4億元的儀器受到來自列車運行時振動的影響，其中有一個價值數百萬元的電子顯微鏡的畫面，在顯示時也因振動而變得模糊不清。
報導說，北京地鐵的規模成長迅速，至2020年可達近千公里，屆時，北京將有約1千輛列車同時運行，由此產生的問題是，重量超過100噸的列車在行駛時會變成一個巨大的振動源，而振動則會擴散到地表並進入建築物。
在由地鐵引發的振動中，對精密儀器干擾最嚴重的是低頻振動。北大環境振動監測與評估實驗室主任雷軍曾進行測量，結果發現，離地鐵100公尺內的地表振動強度，比沒有列車通過時提高30倍至100倍。
北京交通大學也做出測試，結果顯示，十餘年來，北京市距地鐵100公尺以內的地層微振動已提高近10倍。
從地鐵北京4號線來看，該路線貼北大東門一直向北延伸，兩邊緊密分布著北大和幾大理工科學院及眾多重要實驗室，北大相當一部分精密儀器集中在這些大樓中。當時就有學者提醒北大，需研究地鐵對精密儀器是否有影響。
北大曾與地鐵方數次談判，雖採取一些措施，但至今仍無法減少對精密儀器的影響。問題的癥結也自然糾結到，科研單位的精密儀器往往購置在先，地鐵規劃方案在後，且在形成時卻沒有考慮相關影響。
報導說，至2019年，距北大綜合科研樓僅有600公尺遠的北京地鐵16號將全線開通，屆時北大將被夾擊。振動技術研究中心工程師左漢文稱，目前最好的方案是，除了在軌道下鋪設鋼製彈簧浮板，同時在儀器樓修建之初裝上靠彈簧撐起來的隔振支架；如果大樓已竣工，只能在每一台儀器下加裝減振台，但此項工程耗資巨大，據北大實驗室與設備管理部環境保護辦公室主任張志強估計，減振的儀器北大至少需要「幾十上百台」。
受地鐵影響的同時還有清華大學，臨近的地鐵線一旦開通，對兩所大學中的精密儀器將是災難性打擊，這些精密儀器很可能無法在最高精度下正常工作。
據悉，早在1955年，京張鐵路位於清華校園同側，振動曾嚴重干擾研究進行，在清華大學的爭取下，鐵路線向東遷了800公尺。
面臨地鐵振動干擾的科研機構還有中國科學院、復旦大學、南京大學、首都醫科大學、鄭州大學醫學院，中國科學技術大學、浙江大學、南通大學周邊也即將修建地鐵。另還有985所大學沒經太多考慮，直接在同意地鐵建設的檔案上蓋了章，有的學校遭遇了損失，也不願意公開。
中國地鐵自上世紀90年代起就在各地蜂擁而上，曾被外界指好似又一場大躍進，隨之帶來的問題是，因強行上馬造成盲目投資、亂挖亂採、偷工減料等，所造成的影響和損失無法估量，地鐵也成為貪官汙吏掠奪錢財的避風港。◇
