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此次九合一選舉合併10項公投案，由下一代幸福聯盟（以下簡稱幸福盟）發起的「愛家公投」等3案，在24日晚間10時30分，同意票數均已超過493萬9,267票，三案確定通過。另外，國民黨發起的「反空污」、「反深澳電廠」、「反核食進口」、以及擁核人士發起的「以核養綠」公投，也確定過關。
由幸福盟發起的全國性公投第10案，「你是否同意民法婚姻規定應限定在一男一女的結合？」跟據中選會在晚間10時30分的開票情況，同意票數已達525萬4,262票，不同意票數193萬9,155票。
此外，幸福盟發起的「國中小不應教同志教育」第11案公投，也就是「你是否同意在國民教育階段內（國中及國小），教育部及各級學校不應對學生實施性別平等教育法施行細則所定之同志教育？」也在晚間10時51分，以同意票數508萬5,488票，不同意243萬847票，也確定過關。
幸福盟發起的第12案公投，也就是「你是否同意以民法婚姻規定以外之其他形式來保障同性別二人經營永久共同生活的權益？」在晚間11時24分，同意票527萬7,973票，不同意336萬3,417票，確定過關。
由國民黨發起的「反空污」公投，也就是全國性第7案，「你是否同意以「平均每年至少降低1%」之方式逐年降低火力發電廠發電量？」中選會在晚間10時33分，同意票數510萬9970票，不同意票數136萬2256票，確定過關。
「反深澳電廠」公投，第8案：您是否同意確立「停止新建、擴建任何燃煤發電廠或發電機組（包括深澳電廠擴建）」之能源政策？同意票505萬4718票，不同意票157萬7212票，確定過關。
「反核食」公投，第9案「你是否同意政府維持禁止開放日本福島311核災相關地區，包括福島與周遭4縣市（茨城、櫪木、群馬、千葉）等地區農產品及食品進口？」同意票數518萬0741、不同意150萬4017票，也確定過關。
由擁核人士發起的「以核養綠」公投，也就是全國性公投第16案，「您是否同意：廢除電業法第95條第1項，即廢除『核能發電設備應於中華民國一百十四年以前，全部停止運轉』之條文？」在晚間23時36分，同意票數503萬7500票，不同意344萬5499票，此案也確定過關。
根據中選會資料，公投的投票權人數為1975萬7,067人，其中18歲以上未滿20歲的投票權人人數為58萬2,043人。依照《公民投票法》規定，公投案投票結果，有效同意票數多於不同意票，且有效同意票達投票權人總額四分之一以上者，即為通過；也就是說，10案公投若要通過，皆須要同意票數達493萬9267人，且多於不同意票。
