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交通部提出的軌道政策，近日遭到學者質疑，內容包括審查不符合行政程序，引發相關爭議。交通部長林佳龍22日說明，台灣過去的審查制度讓少數委員決定國家重大建設，現在應回歸由交通部作為主導，讓更多案子可以順利往下走，而不是繼續原地踏步。
林佳龍表示，他過去擔任台中市場時，發現交通部在審查軌道軌道建設的可行性研究時，即使10個審查委員裡有7、8人贊成，但只要有1人反對該案即無法通過。他表示，交通部應負責規劃，並經由學者的協助，讓相關方案變得可行，而不是讓少數人否決國家的重大建設，這樣才可以推動台灣向前走。
林佳龍表示，過去少數特定審查委員，讓好幾個縣市的鐵路立體化方案無法前進，這顯示出台灣過去委員會制度的浮濫，讓少數委員凌駕於政府之上，可以決定國家的重大建設，這是一種不正常的發展，現在交通部應重新承擔這些責任，藉助相關學者的幫助，讓相關案子可予以修正，並在可行性研究、綜合規劃與環評等行政程序可以通過，讓國家的鐵路建設可以被規劃的更好。
林佳龍表示，前政府執政時，在鐵路立體化的中央地方補助辦法裡，增列了自償率的補助標準，地方政府在提案時必須滿足票箱收入等要件，這形同枷鎖，讓除了北高之外，其他縣市的鐵路立體化方案在這5、6年間原地踏步，違反了交通平權的理念。
林佳龍認為，自償率是一般企業用來計算財務成本，但鐵路建設帶來的經濟效益，應是衡量周邊開發、時間成本，以及安全性，不應讓自償率綁住鐵路建設，他發現這些奇怪的現象，希望讓相關規定回歸正常。
林佳龍表示，未來將取消自償率等規定，內容希望中央可針對各級政府的財政能力予以補助，同時地方政府也得分攤配合款項，「中央不應該把政府該做的事情，推給地方去在，現在是在做歷史的補課。」
