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首批武漢返台包機因乘客不是老弱婦孺，反而有好多中國配偶，還多出確診病人，引發爭議。總統蔡英文7日表示，武漢鄉親都是我們的同胞，下一次包機，要再次確認弱勢與檢疫兩個優先原則。衛生福利部長陳時中則說，當然會希望國人回台，但「不能把自己船弄沉，也救不了人」。
蔡英文7日到衛福部疾管署慰勉嚴重特殊傳染性肺炎（武漢肺炎）中央流行疫情指揮中心防疫同仁，並於會後接受媒體提問。
被問到未來是否有新的防疫措施，蔡英文表示，目前為止，確診案例都是境外移入，台灣並沒有社區感染的情況，這些都是防疫同仁日以繼夜的成績，持續有效掌握與掌控整個疫情，指揮中心隨時掌握所有情勢，隨時做成決定，一旦決定，希望全體國人遵從指揮官的決定。
至於武漢台商包機議題，由於3日深夜抵達的首批包機接返人員出現3名發燒、1名確診的情況，產生防疫破口，中共國務院台灣事務辦公室又提出後續979名返台包機名單，外界也擔心台灣是否有足夠能量可以執行這麼大量的隔離作業。
蔡英文表示，在武漢的鄉親都是我們的同胞，但第一批回台、由中國主導的名單，沒有符合雙方當初說好的順序，她並強調，處理下一次包機，要再次確認弱勢與檢疫兩個優先原則，疫病處理跟人民生命是最優先考量，沒有政治考量。。
會後陳時中受訪時表示，院長再三指示，這些鄉親當然都是國人，但包機返台名單第一必須弱勢優先、第二點防疫優先、第三點要確定名單、第四是量力而為。當然很希望國人回台，「可是總是不能把自己的船弄沉了，那也就救不了人」。
他強調，「心意在，但是要量力而為」，要仔細的去盤整台灣的醫療能力，檢疫所的設置、必要的檢疫程序等等都要達到滴水不漏，才有辦法進一步照顧我們在武漢的國人。
陳時中也表示，登機前的檢疫很重要，目前台灣方面已招募6位護理人員義勇軍待命，隨時都可以出發。
