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為加強離島的防疫措施，中央流行疫情指揮中心預計在臺灣本島5處機場設置快篩站，14天內有症狀者需經快篩陰性才可登機。不過，由於無症狀者無須篩檢即可登機，澎湖、連江及金門等3離島接連宣布，入境者須全面快篩，但指揮中心強調，此舉已違法，將發函撤銷。
指揮中心於5月31日公布，將於交通部民航局所屬的臺北松山、臺中、嘉義、臺南及高雄小港等5處機場設立快篩站，旅客搭乘國內航線前往離島時，應於搭機前填寫「健康聲明書」，若過去14天內有症狀者，須配合現場抗原快篩檢驗，陰性者始得搭機；快篩陽性者，將由機場安排搭乘防疫計乘車送至衛生單位指定防疫旅館或集中檢疫所。
若過去14天內都無症狀者，則不必快篩，填寫「健康聲明書」即可搭機；而現場有症狀者，一律不可搭機，並應配合病毒核酸檢測。副指揮官陳宗彥1日表示，預計1日完成公告法定程序，這項新措施2日就會上路實施；此外，基隆港往連江、臺中港往烏坵的船班也都將比照辦理。
不過，繼澎湖、連江於5月31日宣布入境者全面強制快篩後，金門縣政府1日也公告跟進，金門縣府秘書長陳朝金指出，從5月31日立法院審議《紓困條例》的附帶決議可看到，是要求指揮中心在本島機場及港口設快篩站，對入境離島民眾全面篩檢，但指揮中心的做法並非如此；在此之前，金門、連江、澎湖將採取一致做法，對入境者全面快篩。
陳朝金表示，若入境者違反規定，將依《傳染病防治法》裁罰3千元到1萬5千元的罰鍰，盼旅客們都能夠配合；他強調，這項政策主要是依據立法院審查《紓困條例》時的附帶決議案，是有所本。
然而，指揮中心指揮官陳時中1日聲明，澎湖、連江、金門等3離島縣政府，對於入境旅客全面快篩的公告已違法《傳染必防治法》及相關法律規定，因此將發函撤銷公告。至於離島的擔憂，他重申，全面快篩仍有偽陰性的問題，會產生假性安全感；而指揮中心規定的強度也已達到全面篩檢的目的，所以離島不用再另行規定，將視情況觀測效果。
行政院長蘇貞昌也認為，「國家是一體的」，基於全國防疫政策的一致性，不能產生混亂雜沓、「國中有國」的亂象，也徒增乘客困擾。
此外，臺東縣也反映，臺東機場也有飛往蘭嶼、綠島，卻未被設篩檢站。由於綠島及蘭嶼同屬臺東縣境，不像其它5機場飛往離島是跨縣，陳宗彥表示，臺東縣政府若覺得有必要，也可自行設立快篩站。但臺東縣副縣長王志輝指出，臺◇機場屬於中央管轄，因此已行文請求中央協助設置。◇
