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中共病毒(俗稱新冠肺炎)疫情延燒一年多來，大家都對基因定序不陌生，透過解碼和比對，能從中找出病例的關係是否來自同一批感染源。中正大學資訊工程系教授黃耀廷長年研究感染微生物基因定序，看見醫院臨床追蹤不明感染原因的困境，近期著手建置「台灣病原體在地資料庫」，可望讓台灣面對下一波傳染疾病時，能加快辨識感染病原。
病原追蹤有多重要，除了分析致病、致死的病原體，還可找出相近的群聚，以及辨識新出現的變異。中正資工系教授黃耀廷說：「要知道是什麼病原體感染的，必須判讀基因序列，但背後一定要有龐大的微生物資料庫。」這次台灣中共病毒(俗稱新冠肺炎)疫情中，病人染疫後常因免疫力下降而被其他病原體再侵入，不僅增加治療困難度，且還有難以判斷感染源的個案，突顯台灣基因定序技術雖能一次完整掃描上億個基因碎片，但最缺少的還是一個全面性的在地資料庫。
事實上，臨床也常發生急重症病人出現不明原因發燒、肺炎等症狀，醫師無法第一時間確認病原體，只能根據經驗判斷或使用傳統病原體培養技術，而錯失治療的黃金時機。黃耀廷表示，過去台灣微生物基因定序大多侷限在如大腸桿菌、沙門氏菌等常見菌種，當遇到新亞種或罕見菌時，光是正確鑑定就有困難，即便鑑定出來，醫師依然仰賴歐美國家常見抗藥性的統計資料用藥。
然而，所有病原體都有在地化的傾向。「每個國家從水土環境、食物、抗生素使用不同，就會孕育出特有的病原體。」黃耀廷6年前與台中榮總感染科醫師合作抗藥菌株研究，就發現台灣有些病原體的基因序列和國外長得不太一樣，甚至發展出在地抗藥性的突變菌株，參考歐美資料治療的效果自然打折，於是讓他決定動手建立在地資料庫。
黃耀廷長年研究主力放在感染微生物基因定序及分析軟體開發，近期更與亞洲準譯公司產學合作，建置「台灣病原體在地資料庫」。黃耀廷最近先從台灣醫院常見感染微生物基因體開始，如克雷伯氏肺炎鏈球菌、結核分支桿菌等下手，並透過與全台各大醫學中心臨床試驗逐步擴充。
黃耀廷說：「微生物包含細菌、真菌、病毒，光是病毒株序列就有二百多萬條，資料量龐大繁雜，處理過程不只需要同時具備軟體和微生物專業知識，還得全盤瞭解感染科醫師判讀與治療準則。」
該資料庫預計一年後完成，提供醫院發展精準醫療的一個新選擇。黃耀廷表示，不僅將幫助醫師即時找出重症或危險族群感染的病原體，也能追蹤台灣特有的抗藥基因，讓投藥更加精準，甚至當出現新興疾病時，用來比對相似的基因和可能的來源，以及預防疫情擴散。
