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國內無新增個案死亡，另新增4例境外移入，及2例本土中共病毒（武漢肺炎）個案確診。另針對近期長榮機師染疫案疫調情形，指揮中心5日表示，兩機師315名接觸者中，僅1人確診、45人檢驗中，至於，機師兒北科附工的224人接觸者，全數採檢「陰性」，「目前情況良好，看起來（學校）情況是可控的。」
日前傳出2名長榮機師（案16119、16120），及1機師就讀北科附工的兒子（案16122）確診，引發外界關注桃園的疫情狀況。指揮中心公布相關人員疫調結果，兩機師315名接觸者中，經採檢僅1人確診（案16122），另有45人檢驗中，至於就讀北科附工的兒子（案16122），匡列接觸者224人，全數採檢陰性。
對於是否會升級桃園的疫情警戒級別？指揮中心指揮官陳時中說，這兩天由於沒有明顯惡化指標出來，沒有考慮加強措施。另針對案16120及案16119的基因定序結果，醫療應變組副組長羅一鈞表示，順利的話會在6日公布。
防疫巴士上發「尿布」給機組員 陳時中：以防萬一沒禁止上廁所
另外，指揮中心回溯過去14天，針對曾到過芝加哥的長榮機組員進行採檢，總計匡列283人，截至目前除了13人在國外，其餘都已經採檢完畢，陰性262人，8人檢驗中。
回溯機組員經匡列283人，239人住進集中檢疫所、31人住在航空公司宿舍。防疫巴士接送過程中，卻傳出機組員抱怨過程中，僅發放「紙尿片」，不能上廁所。
對此，指揮官陳時中說明，集中檢疫地點是根據戶籍地申請，由當事人所在地來派車，居家檢疫地點則以戶籍地為主，各地方派車都也都會將社交距離、通風做好，並沒有明確規定不能上廁所。
陳時中提到，發放衛生用品是預防塞車，路途遙遠沒有休息站，這都是不得已的方法，就像過年回南部，擔心會塞車「以防萬一」，必要時可以使用尿布，並不是規定一定要這樣用。
本土增2例 新北市夫妻確診
新增的2例本土病例中，為新北市本國籍一對夫妻，分別為40多歲男性（案16128），及30多歲女性（案16129）。案16128於今年9月1日出現咳嗽、發燒、頭痛及全身倦怠症狀，9月4日就醫採檢，於5日確診（Ct值24）。
至於，妻子（案16129）則是在8月27日至8月30日間，出現咳嗽及味覺異常症狀，9月4日因案16128檢驗陽性，由衛生單位安排隔離並採檢，於5日確診（Ct值17）。衛生單位已匡列2人接觸者共50人，均列居家隔離，另有49人尚待風險評估後再行匡列，其餘相關接觸者匡列中。
指揮中心指出，近期確診個案解隔離情形，5月11日至9月3日累計公布14,813位確診個案中，已有1萬3,751人解除隔離，解隔離人數達確診人數92.8%。截至目前國內累計1萬6,019例確診，分別為1,433例境外移入、1萬4,533例本土病例，36例敦睦艦隊、2例航空器感染、1例不明及14例調查中；另累計110例移除為空號。2020年起累計827例本土死亡個案。
