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農委會農地資源盤查顯示，2017至2019年約新增1.8萬間農地違章工廠。《工輔法》2020年上路，地方政府從申請納管的農地工廠，收取20億納管輔導金與營運管理金，卻只拆除16間。地球公民基金會與立委、議員14日召開記者會，要求政府說清楚納管輔導金與營運管理金的去向，且必須編列為拆除經費。
農地違章工廠農委會統計約13萬家、經濟部估約4.5萬家。2020年3月20日《工廠管理輔導法》上路，依規定2016年5月20日後新增建農地工廠都要拆除。
地球公民基金會山林國土組研究專員吳沅諭表示，依《工輔法》28-5與28-7條規定，農地違章工廠申請納管，從納管到20年限期的地目變更，每年需依廠地面積繳交2至10萬營運管理金與納管輔導金。2020年《工輔法》公告至今，地方政府已收取20億納管輔導金與營運管理金。
她提到，新北、桃園、臺中、彰化、臺南與高雄6個違章工廠重災區縣市，2017至2019年，每個縣市都增加上千家即報即拆的工廠，2020年3月20日至今只拆5家，地方政府說財政赤字、財政困難沒錢可拆，但像彰化縣、臺中市都收了5億納管輔導金與營運管理金，彰化縣卻1家都沒拆。這筆錢的收支使用，地方政府都講的不清不楚，只提到要用來管理違章工廠。
彰化縣議員吳韋達表示，《工輔法》即報即拆政策最大問題是經濟部只願意處理到斷水斷電，拆除業務則說由地方負責，地方卻以經費不足等理由拖延。如果中央沒有要編列專案預算拆除違章工廠，至少可用函釋把納管輔導金與營運管理金用在違章工廠即報即拆、斷水斷電相關費用。此外，希望中央對營業行為的界定要清楚，不是工廠蓋起來，投入幾千萬後說不能營業，「一開始沒有阻止放任蓋到後來變燙手山芋」。
立委王婉諭說，農地工廠每年的數量仍這麼多，嚴重影響食安環境。導致農地工廠林立的原因，是地方政府長期怠於執行《區域計畫法》21、22條、《都市計畫法》78、80條、《建築法》86條等主管法規。2020年《工輔法》公告施行後，各縣市違章工廠執行的情形不一，甚至有多個地方政府，明明轄區內新增未登記工廠林立，但卻從未對這些違章工廠進行斷水斷電及拆除。經濟部有責任依《工輔法》28-3減撥經費來驅使地方去執行拆除。
立委洪申翰表示，納管輔導金、營運管理金，以及2019年以前就向臨時登記工廠收取的登記回饋金，到底收了多少、怎麼使用，資訊都應該公開，接受地方議會民意監督，這些幾十億的錢有沒有用在刀口上，才能檢視《工輔法》落實上，中央、地方是不是有盡到該盡的責任。地方政府不應收了錢卻不做事，產業得不到幫助，環保團體也會感到不滿，經濟部是《工輔法》的主管機關，有責任弄清楚地方收取的經費怎麼花用。
地球公民基金會山林國土組研究員蔡佳昇提出4訴求，包括經濟部與各地方政府必須以預算、決算形式公開高達上億的登記回饋金、納管輔導金與營運管理金去向。納管輔導金與營運管理金應編列為新增農地工廠拆除經費，並成立專案小組執行拆除。經濟部應啟動減撥機制驅使地方政府執行拆除、定義「怠於執行」與訂出相關規範。經濟部應用函釋說清楚納管輔導金與營運管理金的使用內容，納入新增違章工廠或逾期未納管違章工廠的拆除，讓地方政府有拆除依據。
