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針對論文風暴，宣布參選桃園市長的現任新竹市長林智堅，7月5日於新竹市政府召開記者會表示，他自己與指導教授都已澄清他的碩士論文「絕對沒問題」，但中國國民黨為了輔選競選對手張善政而刻意抹黑，他嚴正譴責國民黨汙辱他的人格。
日前國民黨臺北市議員王鴻薇爆料，林智堅2008年在中華大學發表的碩士論文，涉嫌抄襲同年6月竹科的期末報告書。
林智堅嚴正譴責國民黨，每次選舉都以論文議題惡意攻擊，企圖透過扭曲、抹黑的方式汙辱他的人格，他表示，感到痛心、遺憾，近日將按鈴申告。
林智堅為國立台灣大學國家發展研究所碩士及中華大學科技管理研究所碩士，論文分別為「三人競選之中槓桿者的政治社會基礎及其影響以2014新竹市長選舉為例」和「以TCSI模式評估國內某科學園區之周邊居民滿意度」。
國民黨：林智堅論文基本上有瑕疵
對於林智堅嚴正譴責國民黨以論文議題來抹黑他，國民黨文傳會副主委何志勇接受媒體訪問時表示，林智堅的論文基本上是有瑕疵的；這要看當時委託者與受委託者的合約內容，是否可以授權公開發表，因為其中會涉及政府提供的資料及智慧財產權的問題。
至於竹科的委託報告，是否由林智堅幫教授撰寫？何志勇說，由於委託報告中沒有林智堅的名字，而他的碩士論文裡面則有署名，這多少牽涉到著作權的問題，原則上就會有爭議。
論文抄襲案 國安局長陳明通出面澄清
除了國民黨臺北市議員王鴻薇指控林智堅，2008年在中華大學發表的碩士論文，涉嫌抄襲同年6月竹科的期末報告書；另有媒體人在臉書上提到，林智堅選上市長後才去唸的臺大國發所碩士論文，有部分內容與另一篇余正煌的論文雷同。
外界質疑，林智堅的碩士論文疑似涉及抄襲，教育部表示，有關學位論文的學術倫理案件疑義，教育部已訂有專科以上學校學術倫理案件處理原則，學校應依此原則及「學位授予法」規定查處。
林智堅當年的指導教授、現任國安局長陳明通說明整起案件原由，並強調他必須澄清一下，其實是林智堅的論文比較有原創性，是余正煌拿林智堅的資料寫論文。
陳明通表示，論文問卷的原始設計者是林智堅及其競選團隊，余正煌因原撰寫的碩論計畫不理想、想換題目，「我徵得林智堅的同意」，將林智堅的民調資料給余正煌使用，並建議換題目寫；同時將林智堅當時初步所寫的東西給余正煌參考，並以口試委員身分給余正煌一些寫作建議。
他說明，只是余正煌先畢業，林智堅較晚畢業，讓外界誤解林智堅抄襲余正煌，其實過程是林智堅的論文比較有原創性，「真是有理說不清」。
而調查局也證實，這次被媒體揭露的余正煌，確實是新竹市調查站的同仁。
護林智堅 鄭文燦批國民黨：太LOW了
桃園市長鄭文燦也出聲表示，林智堅已經清楚說明他是論文主要撰寫者，這議題在上次的市長選舉就已經打過一輪了，他的指導教授也有相對的說明與澄清；他說，這個選舉起手式要變成抹黑比賽：「太LOW了！」
不過，賴香伶競選辦公室發言人張清俊表示，「誠信」向來是政治人物的一大考驗，林智堅市長不應該迴避這項爭議，他有責任親自對外說明，為何他的中華大學碩士畢業論文的內容，跟竹科同期發表的期末報告書有高度雷同？
張清俊說，就算如新竹市府所稱，林智堅市長是竹科報告書的共同撰寫人之一，學術界也絕不允許一篇共同撰寫的論文，被完全抄襲成自己的碩士論文；他呼籲林智堅市長，像個男子漢出來面對，說清楚、講明白，以昭公信。
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