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無黨籍立委黃國書9日質詢指出，臺灣科研船隻在今年9月底於臺灣東部海域執行任務時，因位處兩國重疊的經濟海域，但遭到日方公務船驅離，且近5年遭他國干擾共11次。國科會主委吳政忠回應，將積極與日方交涉和對話，也會持續與外交、國安單位合作。
黃國書表示，臺灣大學海研船「新海研1號」在9月遭日方公務船驅離，且這次並非第一次，主要是執行任務的海域為兩國重疊的經濟海域；科研船隻近5年航行遭他國公務船干擾共11次，今年日方就有4起、中國2起。
吳政忠說，國科會針對事件都有掌握，臺灣海研船出海前，都必須向海巡署報備並核定後才能出發，國科會也有國安會、外交部、海委會、海巡署等合作，而新冠疫情也讓「臺日海洋事務合作對話」停辦。他說，隨著國境開放，將積極向日方交涉。
黃國書也提到，9月底驅離事件後續，中國外交部竟跑去幫臺灣向日方交涉，主張不可干涉中國在該海域從事科研活動，恐怕是利用此事「吃臺灣豆腐」。對此，吳政忠回應，這是中華民國臺灣的事，中國無權、也無法干涉該海域，當時僅海巡署艦艇在海研船旁維護、中國船隻並未出現。
而國科會編列2023年預算達545億餘元、年增70億元，主要撥充科發基金22億餘元、太空中心27億餘元，以及新增補助屏科、嘉科、竹科、中科等實驗中學建設。
吳政忠表示，將全力鞏固基礎研究布局，相關預算編347億元，國科會將積極投入太空、前瞻半導體、6G、AI、資安、淨零轉型等領域，也會完善人才培育、打造科學園區成為永續園區。此外，科學園區明年度總支出162億元，將編列400億元用於新設及擴建園區等。
