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國安局長陳明通遭指控在臺大任職期間，在指導前新竹市長林智堅論文前後，收受企業捐款400萬元。陳明通24日在立法院表示，這筆錢是他擔任臺大中國大陸研究中心主任時募的，而且「不只400萬，還有好幾百萬在大陸中心」，但款項並沒有任何不法，跟林智堅一點關係都沒有。
網路上有人爆料，指稱前臺大國發所教授陳明通，在指導前新竹市長林智堅論文前後，向同一個捐款來源收400萬元捐款。陳明通23日已委任律師陳昱龍發表聲明，指這筆款項為學術研究計畫向私人企業募款，並非藉由林智堅募款，無任何徇私或不法行為。
立法院外交及國防委員會24日邀請陳明通、外交部長吳釗燮、陸委會副主委邱垂正等進行專案報告、備詢。
談到收受企業捐款400萬案，陳明通原本堅持「陳局長不回應陳教授的問題」，但在立委追問下，他表示，臺大已公開說明，沒有任何不法的事，任何募款進入臺大報帳系統，每一分錢該不該用、能不能用，都要學校同意且層層核帳，他雖然主持研究計畫，「我本人沒有拿一毛錢」。
他表示，裡面很多錢是用來支付中國大陸研究中心職員薪水，跟媒體跟外面所說的一點關係都沒有，呼籲不要為了選舉羅織、抹黑到這種程度。
陳明通表示，2015年他接任臺大中國大陸研究中心主任，該中心是臺大前校長李嗣涔任內成立的，給了3,000萬開辦費、一年1,000萬，後來經費用罄，「我作為中心主任，當然要去募款。我募的不是只有400萬，還有好幾百萬、還有好多企業，那些錢現在都在大陸研究中心」。
至於林智堅論文案牽涉的臺大教授審定資格，陳明通表示，此案還在程序當中，但他已經準備很全面的資料，證明林智堅論文沒有抄襲，「大家有一天看到證據，可以來檢驗」。
立委馬文君等人擬定臨時提案，要求陳明通針對募款案作出清楚說明，最終經朝野立委商討後，文字做出部分修正後通過。
