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中國武漢肺炎疫情升溫，指揮中心統計，1月9日，中國搭機直航入境的陽性率剩12%左右，指揮中心推測，與中國疫情已達高峰，或是與飛機入境來臺旅客來自各省，可能會受到各省當地影響，起伏波動較大。
針對中國疫情，自今年1月1日零時至1月31日（航班表定抵臺時間），除維持現行不開放中國觀光客來臺政策，搭乘自中國北京、上海、成都及廈門等4個直航航線，及金馬地區黃曆新年交通專案的旅客，入境時須於機場或港口配合採集唾液檢體進行PCR檢測。
指揮中心公布最新數據，1月9日自中國4個直航點入境來臺旅客1,615人，其中204人陽性，陽性率為12.6%；金馬過年專案入境136人入境，其中4人後送醫院採檢皆陰性，其他在港口檢疫132人有25人陽性，陽性率18.9%。據統計，1月1日到9日整體陽性率17.8%。
莊人祥說，自中國搭機直航入境的陽性率剩12%左右，推測原因除了是中國第一波整體疫情已經一個月，可能已達高峰，或是飛機入境來臺旅客來自各省，可能會受到各省當地影響，起伏波動較大；金馬過年專案維持18%，則與旅客集中自廈門來有關，反映當地疫情。
國內11日新增25,245例本土個案，比上週同期減少24.3%，莊人祥表示，應該與元旦連假打亂例行個案數趨勢有關，上週三是假期剛結束，沒有通報個案會匯集上傳，數量會比平時更高。
莊人祥推估，1月8日至14日，也就是現在這一週疫情出現反轉下降的可能性高，但較精確的預判走向仍待觀察12日疫情數據，另若本週疫情能順利下降，未來病例數走向趨勢可能會起伏不定。
