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立法院19、20兩天召開全院委員會，審議行政院所提國會職權修法覆議案，行政院長卓榮泰報告時表示，本次修法有違反憲法上民主原則、權力分立原則，以及正當法律程序等而侵害人民權利之虞，並針對程序面、實質條文面提出五點覆議理由。
立法院5月28日三讀通過《立法院職權行使法》修正案及《刑法》增訂「藐視國會罪」。行政院認為窒礙難行，經總統賴清德核可提出覆議，立院朝野黨團決議，19、20日邀請行政院長卓榮泰報告並備質詢，21日進行表決。
卓榮泰表示，立法院通過的修法，違反民主原則、權力分立、法律明確性、比例原則及正當法律程序等，確有窒礙難行之處，影響人民權利義務及機關權限行使甚鉅。
卓榮泰分別就五個部分提出說明，一、審議程序違反民主原則；二、要求總統國情報告常態化及備詢違反憲法；三、立法院質詢權、調查權及聽證的行使違反權力分立原則及侵害人民基本權利；四、人事同意權的行使恐導致憲法與法定機關職權行使產生窒礙；五、藐視國會的處罰違反法律明確性原則、比例原則及正當法律程序等。
對於立法程序，卓榮泰說，立法院於委員會、黨團協商及院會審議時，未經實質審議及討論，且限制持反對意見的委員充分發表、辯護意見及對多數意見提出批評的機會，悖離民主議事程序應尊重及保護少數原則，有「未議而決」的程序嚴重瑕疵，違反憲法第63條「議決」法律案的規定。
總統赴立法院國情報告部分，卓榮泰說，修法將總統國情報告改為「改期」或「不定期」，將妨礙總統日常政務的行使，國情報告時程及內容，也可能與行政院的施政報告重疊，除引發權限爭議外，也會造成政務執行的窒礙。
此外，修法規定，總統應依序即時回答立委的口頭提問，書面問題應於7日內以書面回覆。卓榮泰說，此規定性質上均屬「質詢」，但總統為國家元首，與一般行政首長的地位並不相同，不應將民意機關對一般行政首長的質詢權套用在總統身上。
針對質詢權、調查權、聽證部分，卓榮泰表示，修法後立法院調查範圍擴張，既違反權力分立原則，且侵害人民基本權利；若立法院啟動調查的目的是為清查政府弊案，依憲法規定，則屬於監察院或司法機關的職權範圍。
至於人事同意權方面，卓榮泰說，修法後，人事同意權自交付審查之日起，期間不得少於1個月；但未規定最長審查期間，審查期過長，將影響憲法、法定機關的組成及重要職位懸缺，導致法定職權的行使產生窒礙。
最後是妨礙立法委員行使質詢權、調查權及舉行聽證會時的處罰規定，卓榮泰表示，修法後有違法律明確性原則、正當法律程序及比例原則。如何認定政府人員的答詢屬「反質詢」、「隱匿資訊」或「虛偽陳述」，而應課予處罰，除有違法律明確性外，執行上恐怕會爭議不斷；即使有司法救濟途徑，審判機關也難合理判斷，只是讓政治紛擾延伸至司法機關而已。
