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立法院會4日處理報告事項前，民眾黨團提案，本次院會議程僅對行政院長施政報告繼續質詢，形同排除民進黨團提議增列的總預算案；國民黨團提議內容與其相同，經表決後，藍白立委再度以席次優勢聯手封殺總預算案。
國民黨團、民眾黨團以「未編足禁伐補償及公糧收購」等預算為由，於9月20日院會將總預算案退回程序委員會，接著在9月24日程委會將其「暫緩列案」。依程委會的議程安排，總預算案10月4日再度叩關院會。
立法院會處理報告事項前，民進黨團提議，增列行政院函請審議總預算案、前瞻基礎建設計畫第五期特別預算案；民眾黨團則提議，本次院會議程僅「限列」議事日程草案所列報告事項及質詢事項，對行政院長施政報告繼續質詢，國民黨團提議內容，則與民眾黨相同。
最終表決結果，出席106人，贊成56人、反對50人。民進黨立委不敵藍白再次聯手，2025年度中央政府總預算案，將再度擱置到下週程序委員會處理。
其中，國民黨立委柯志恩、蘇清泉，配合國民黨團運作的無黨籍立委陳超明，以及民眾黨立委張啓楷、民進黨立委楊曜皆未參與投票。陳超明後來向院會聲明與國民黨團立場相同；另外，外傳楊曜因澎湖機場4日中午才恢復起降，故未及參與院會投票。
對於總預算案再度遭擋下，民進黨立委林楚茵表示，這些預算至關重要，也包含防災救命錢（治水預算），在野黨為了政治鬥爭繼續擋，高雄災情如此嚴峻，如果沒有預算，如何讓各級政府做好災救工作？質疑根本是為了政治操作，犧牲國人的權益。
民眾黨團總召黃國昌說，目前仍未收到行政院違法編列預算要採取的補救措施呼籲，行政院長卓榮泰依法編列預算，保障原住民、農民、醫護、民眾就醫等權益。
國民黨立委賴士葆則說，關鍵在於行政院是否預備好，同意要編列原住民禁伐補償金？或是由原住民族綜合發展基金來支付？這是整個總預算被退回的重點，端看行政院的態度如何，只要一句話依法行政編列，事情就可以解決。
卓榮泰說，他非常非常的遺憾，這2天執政團隊的心都跟受災居民懸在一起，到剛才他還透過幕僚安排，希望總質詢結束後要去地方勘災了解災情，5、6日2天也可能南下關心災情，更重要的是如何復建。
面對各地災情，卓榮泰表示，各地對他提出明年要如何做系統性治水，要如何做交通設施安全維護跟修建的要求，他只有一句話告訴對方，「等我爭取立法院預算再來答覆各位」，這是一個非常無奈的感覺。
和解飯延期 卓揆：盡快找時間
不過，卓榮泰說，時間還是有的，只要立院能儘速在未來的程序委員會付委，完成預算審查，行政院會積極努力在今年度完成各行政部門所提預算需求審查。
為化解明年度總預算案卡關僵局，卓榮泰與立法院長韓國瑜原訂4日共邀藍綠白三黨團吃「和解飯」，但因颱風「山陀兒」影響，行政院認為救災第一，經過與韓國瑜協調後，外傳餐敘延期至下周。
卓榮泰表示，他已透過行政院秘書長龔明鑫跟韓國瑜積極要求，4日晚上在這個情況下，不宜坐下來吃飯，但也會積極迅速找時間，解開這個結；行政院看的是整體全國性的預算，不是個別立委單一選區的預算，必須要據理力爭。
