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受美歐科技圍堵，中共推動「科技自立」，但同時加強對科研機構的控制，專家指出，這對中國科學產出的品質構成長期風險。
中共將黨的控制之手伸向科技機構，2023年3月成立黨機構「中央科技委員會」，等級高於科技部。墨卡托中國研究中心公共政策計畫前副主任阿勒斯撰文說，共產黨試圖擴大其在中國科學機構的影響力，對科學研究品質構成長期風險。
在中國大學和研究機構中，與中國其他公共和商業組織一樣，黨支部和黨委書記被賦予更高地位和決策權。大學和科研機構中一直存在黨組織，最近變得更突出和強大。阿勒斯說，大學員工被要求參加黨的意識形態培訓課程，程度是自改革開放以來從未見過的。
2024年1月，中國一些大學合併黨委和校長辦公室，組成最高領導機構，類似政府中「一個機構兩塊牌子」，也是前所未有，反映黨務、黨員管理和意識形態控制，與教學科研管理的界限模糊。
黨的控制對中國科學創新產生負面影響。阿勒斯說，目前學校黨委書記比以前更能夠影響中國科研機構的招聘、財務和戰略決策。該職位不斷擴大的權力也使現任者，能夠出於個人動機或對權力的渴望，影響同行。分析認為，這將鼓勵科研人員熱衷於拉關係，而不是踏實做研究。
華府智庫科學技術政策研究所（STPI）研究員韓雪英說，靠關係出人頭地仍然是中國科研環境普遍特徵，導致「靠山頭」現象。例如，當團體內某人晉升到權力職位時，他只偏愛其團體中的人。
根據韓雪英對中國科研人員的採訪，中國的研究環境不利創新或原創，因重視發表數量而不是品質，鼓勵研究人員追求唾手可得的成果，而不是從事長期、創新的研究，難以帶來科學突破。
阿勒斯表示，中共官員對中國科技創新體系的滲透程度超過以往。雖然對產出的具體影響仍然難以確定，但這種政治化將使合作的外國實體更難將中國同行視為完全專業的合作夥伴。◇
