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監察院11日表示，小琉球沿海珊瑚礁生態系長期遭受破壞，致嚴重衰退與失能，尤以沿海遊憩活動密集區之珊瑚覆蓋率更為低落，權責機關顯有疏失，監察院通過監委范巽綠及林盛豐提案，糾正海洋委員會、觀光署、鵬管處及屏東縣政府。
監委表示，調查期間，有民眾陳訴屏東縣政府和鵬管處為了快速從觀光人潮獲取經濟效益，大量開發並在島上到處建設，將自然景觀破壞殆盡，而多數小琉球人輕忽此舉的重大影響，為了留住就業機會賺錢導致亂象叢生等情；顯示小琉球部分住民希望發展觀光經濟，另部分住民則希望維護海洋生態環境，各有堅持。
監委表示，海委會既知小琉球環境承載量評估與海域生態息息相關，自可主動進行評估調查，但未積極為之，反寄託於觀光主管機關鵬管處所為之調查作為，令小琉球周遭海域之海洋生態及生物多樣性趨於惡化、劣化，洵有缺失，且遲至2021及2022年方辦理珊瑚監測計畫及珊瑚移植復育措施，亦有怠失。
監委調查發現，鵬管處雖曾於2018年進行小琉球環境承載量評估調查，但僅著重觀光旅遊發展，並未考量小琉球海洋生態等因素；海委會自2022年起多次建議鵬管處依規定重新針對遊客人數上限做適度評估及調整，但鵬管處迄今仍未完成兼評估調查。
監委指出，鵬管處長期消極不作為，對於大量觀光客源源不斷赴小琉球旅遊完全束手無策，既無法限制交通部航港局交通船航班班次及限制遊客登島人數，復無法提出人流管制替代方案，致登島遊客源源不斷，影響海洋生態維護，自有怠失，觀光署亦難辭監督不力之咎。
監委強調，造成小琉球海域海洋生態沉重負擔；又長期忽視該島海域珊瑚覆蓋率衰退及生態惡化狀況，遲至2024年始將珊瑚列入該縣「水產動植物繁殖保育區」之保育對象，實有檢討改進之必要。
監委指出，小琉球島上雖已設立4座污水處理設施，然污水處理對於營養鹽去除效果有限，小琉球多處潮間帶仍有藻類繁生等優養化現象，致使珊瑚礁生態系持續惡化，珊瑚覆蓋率僅剩約一成，海委會及屏東縣政府均有檢討改進必要。
