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監察院26日表示，監委田秋堇、蔡崇義於2020年完成「食品雲」調查報告發現，截至該年5月底，衛福部公告指定22類、應使用電子發票之食品業者共4,838家，實際導入電子發票之食品業者只3,649家。經調查後即續追期間，衛福部陸續公告26類食品業者，分階段使用電子發票，截至去年11月底食品業者導入電子發票計有9,220家次（98.3%）。
監委指出，電子發票能有效追蹤食品流向，且發票資料可保存於財政部電子發票整合服務平台8年，一旦發生食安事件，除了有助於檢調追查，電子發票亦可協助買到黑心食品的消費者向業者求償。
因此，監委說，《食品安全衛生管理法》規定，經公告類別與規模之食品業者，應依其產業模式，建立追溯或追蹤系統，並依溯源之必要性，分階段使用電子發票，以確保食品追溯或追蹤系統資料之正確性。
監委提到，案經調查後，於長達四年半之續追期間，衛福部針對產量大、市占率較高之食品業者，已陸續公告26類食品業者，分階段使用電子發票。
監委指出，財政部與衛福部為輔導食品業者依法落實開立電子發票，財政部針對衛福部公告應使用電子發票之食品業者均列為優先輔導對象，並訂定財政部所屬各地區國稅局責任目標，衛福部亦督導各地方政府衛生局輔導公告指定食品業者導入電子發票。
此外，監委說，衛福部與財政部亦共同訂定輔導食品業者導入電子發票一致性原則、建立跨部會單一聯繫窗口，負責協助排解各地方政府衛生局、各地區國稅局，於輔導食品業者所遇非其業務範疇之反映事項等措施。
監委指出，透過精進措施，截至去年11月底，食品業者導入電子發票計有9,220家次（導入比率為98.3%），其中，輸入業者開立電子發票計有6,389家次，開立比率為91.8%。此外，《飼料管理法》中有關農業部應就飼料製造業者或販賣業者公告限期分階段使用電子發票之規定，農業部預計於114年上半年完成相關子法之法制作業公告程序。
最後，監委強調，考量衛福部尚未將部分食品業者納入食品追溯追蹤管理制度、上傳非追不可及使用電子發票之實施對象，監察院仍會持續監督有關機關盡速檢討改善。
