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在系統性紅斑狼瘡病變中，anti-dsDNA陽性率高達60%~90%，在活動性系統紅斑狼瘡中陽性率80%~100%，非活動期陽性率＜30%，診斷的特異性高達90%，anti-dsDNA陽性就有九成機率是紅斑狼瘡，高滴度的anti-dsDNA常提示系統紅斑狼瘡診斷，低滴度anti-dsDNA在肝病中也可見，青年型的類風溼性關節炎與某些正常人群中也可能見到。anti-dsDNA在臨床上最好用的是在於監測系統紅斑狼瘡病情變化，滴度降低或消失就是病情好轉，升高就是病情惡化，腎臟損害進一步加重。
抗ENA抗體是針對細胞核內可提取核抗原（extractable nuclear antigen，ENA）的自身抗體，最主要的是檢測抗Sm抗體〈Anti-Sm autoantibodies〉。抗Sm抗體對疾病診斷治療與預後判斷有重要意義，此抗體取名是首先在一位叫Smith病人身上的血清證實，因而命名，對系統性紅斑狼瘡有高度特異性，也就是發現此抗體，可以說就是系統性紅斑狼瘡，但對疾病活動性與疾病嚴重程度無正相關。
抗Sm抗體在患病者的陽性率因人種而不同，黑人與亞洲人可達30%~40%，白種人患者陽性率只有10%~20%，平均陽性率25%。抗Sm抗體對系統性紅斑狼瘡存在高度特異性，若伴有中樞神經症狀者陽性率更高，但與活動性沒有相關性，治療後也可能不消失。
補體（complement）也是監測紅斑狼瘡重要指標，其存在於人體血清中，是具有酶活性的球蛋白（globulin），占球蛋白總量10%~15%，由9種血清蛋白（C1-C9）與一些相關物質組成，正常情況下參與人體正常免疫反應，是很強的攻擊武器。系統紅斑狼瘡患者活動期，免疫系統補體啟動，參與免疫反應，在破壞性攻擊後補體消耗，總量就會降低，補體越低病情越嚴重，常有腎臟炎、溶血性貧血、關節炎等常見臨床問題。補體中以C3含量最高，占補體總數50%以上，消耗越多病情越嚴重，若C3與anti-dsDNA濃度都在正常範圍，表示疾病在非活動期，預後良好。
補體C3、C4降低，通常anti-dsDNA就會升高，系統紅斑狼瘡病情加重，C4的下降與狼瘡性腎炎有密切關係，C4的降低常先於C3，尤其在病情惡化前先出現，可說是個先兆，病程活動期間保持在低的滴度，C4先降低，隨後C3跟著降低。補體的變化對病情診斷、療效的判定與預後都算是主要的指標，有十分重要的意義。
但事情總有例外，也有系統紅斑狼瘡患者C3、C4滴度很低，但病情很穩定，處於良好狀態，反之也有少數患者在病情加重時，補體C3、C4持續保持正常，沒有變化。不過這都是少數中的少數，很罕見。
類風溼因子（Rheumatoid Factor, RF）是巨球蛋白的自身抗體，系統紅斑狼瘡病患中RF陽性比率約33%~61%，此指標與類風溼性關節炎比較有正相關，在紅斑狼瘡病人身上滴度較低，也不持久。
